2015-09-09 36 views
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我試圖運行一個混合效果模型,該模型包含三個帶有交互作用和隨機截距和斜率的固定效果。我想在glmmadmb指定的模型是:glmmadmb help:運行模型時出現多個錯誤

> fit_zipoiss_ambig<-glmmadmb(AmbigCount~Posn.c*mood.c*Valence.c + offset(InputAmbig) + (1+Valence.c|mood.c/Chain), data = Data, zeroInflation = TRUE, family="poisson") 

首先,我收到此錯誤信息:

Error in Droplevels(eval(parse(text = x), data)) : 
    all grouping variables in random effects must be factors 

所以我用(作爲一個例子)fPosn.c=as.factor(Data$Posn.c)我所有的預測轉化爲因素。然後,我跑到這個模型:

> fit_zipoiss_ambig<-glmmadmb(AmbigCount~fPosn.c*fmood.c*fValence.c + offset(InputAmbig) + (1+fValence.c|fmood.c/Chain), data = Data, zeroInflation = TRUE, family="poisson") 

然後我得到這個錯誤:

Error in glmmadmb(AmbigCount ~ fPosn.c * fmood.c * fValence.c + offset(InputAmbig) + : 
    The function maximizer failed (couldn't find STD file) Troubleshooting steps include (1) run with 'save.dir' set and inspect output files; (2) change run parameters: see '?admbControl' 
In addition: Warning message: 
running command 'C:\Windows\system32\cmd.exe /c "C:/Program Files/R/R-3.2.2/library/glmmADMB/bin/windows64/glmmadmb.exe" -maxfn 500 -maxph 5 -noinit -shess' had status 1 

我試圖按照故障排除建議,以便列入, admb.opts=admbControl(shess=FALSE,noinit=FALSE))在我的模型結束。現在我收到此錯誤:

Error in glmmadmb(AmbigCount ~ fPosn.c * fmood.c * fValence.c + offset(InputAmbig) + : 
    rank of X = 106 < ncol(X) = 107 

我不知道這個錯誤的含義。我希望有人能夠幫助我弄清楚如何在glmmadmb中指定我的模型,或者做出失敗的一些其他包,這些包將允許我測試泊松或負二項分佈。

回答

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不能夠運行它自己,什麼跳出我的是:

  1. 至於你的第一個錯誤消息,它是說,在你的嵌套的隨機效應公式的變量需要是可因素。

  2. 然後,在您的代碼中:fPosn.c = as.factor(Data $ Posn.c) 您並未在數據框中創建「fPosn.c」。爲此,您需要運行: Data $ fPosn.c = as.factor(Data $ Posn.c)