2013-01-22 41 views
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get.edgelist的輸出()我想知道如何解釋get.edgelist()命令的輸出igraph在R.如何解釋的igraph

比如我生成一個隨機圖:

a=erdos.renyi.game(100,0.5, directed=TRUE) 
a=get.edgelist(a) 

這給了我兩列,我會認爲第一個代表節點,第二個代表相應的連接。

但這似乎並不是這種情況,因爲有些數字只在第二列顯示,而不是第一列。怎麼會這樣?

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但是如果那麼我會期望如果我生成一個有向圖,那麼節點97的所有連接都應該在第一列,但它比其他節點少。 – user1723765

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我認爲你可能混合了定向和無向?在有向圖中,邊從*一個節點*到另一個節點,在無向圖中,方向無關緊要。 – Marius

回答

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通過創建一個小例子,可能它變得明顯嗎?

set.seed(45) 
g <- erdos.renyi.game(10, 0.5, directed = TRUE) 
> get.adjacency(g) 
10 x 10 sparse Matrix of class "dgCMatrix" 

[1,] . 1 . 1 . . 1 1 1 1 
[2,] . . . 1 . 1 1 1 1 . 
[3,] 1 1 . 1 . 1 . . 1 . 
[4,] 1 1 . . . . 1 1 1 1 
[5,] . 1 . . . . 1 . . 1 
[6,] . 1 1 1 1 . 1 . . . 
[7,] 1 . 1 . . 1 . . 1 . 
[8,] . 1 1 1 . 1 . . 1 . 
[9,] 1 . 1 1 . 1 . . . 1 
[10,] 1 . 1 . 1 1 . . 1 . 

edges <- as.data.frame(get.edgelist(g)) 
edges <- edges[order(edges$V1, edges$V2), ] 
> head(edges, 11) 
    V1 V2 
7 1 2 
18 1 4 
34 1 7 
39 1 8 
42 1 9 
1 1 10 
19 2 4 
28 2 6 
35 2 7 
40 2 8 
43 2 9 

可以從鄰接矩陣有邊緣從row 12,4,7,8,9,10,這也反映在輸出從get.edgelist看到。它恰好給出了鄰接矩陣中的內容。

> table(edges$V1) 
# 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 
# 6 5 5 6 3 5 4 5 5 5 
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非常感謝您的幫助。我的問題是,如果你看看上面的邊界列表中的剩餘數字,那麼你會發現第10列中只有5個聯繫人,而其他人有6個。這就是我不明白 – user1723765

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是的。所以沒有辦法確保每個節點總是有5個,但有沒有辦法確保每個節點至少有5個? – user1723765

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是的,以及問題是我想看看重新佈線的不同概率,但對於每個代理的每個情況超過5個聯繫人。我想我只能做到這一點,如果我增加n。謝謝你的幫助 – user1723765