在通過bsub提交時包含bash腳本參數

Question

我有以下shell腳本。

#!/bin/bash --login 

#BSUB -q q_ab_mpc_work 
#BSUB -J psipred 
#BSUB -W 01:00 
#BSUB -n 64 
#BSUB -o psipred.out 
#BSUB -e psipred.err 
module load compiler/gnu-4.8.0 
module load R/3.0.1 
export OMP_NUM_THREADS=4 

code=${HOME}/Phd/script_dev/rfpipeline.sh 
MYPATH=$HOME/Phd/script_dev/ 
cd ${MYPATH} 
${code} myfile.txt 

中，我可以使用BSUB提交程序集羣：

bsub < myprogram.sh 

但是我改變的最後一行在我的程序：

${code} $1 

，我使用命令行參數指定文件，我怎樣才能把這個傳遞給bsub？

我曾嘗試：

bsub < myprogram.sh myfile.text 

然而BSUB不會接受myfile.text作爲一個bash參數。

我也曾嘗試

bsub <<< myprogram.sh myfile.text 
./myprogram.sh myfile.text | bsub 
bsub "sh ./myprogram.sh myfile.text" 

什麼，我需要做什麼？

Answer 1

我可以回答我自己的問題嗎？

看來我可以使用sed來即時修改文件。我原來的文件現在是：

#!/bin/bash --login 

#BSUB -q q_ab_mpc_work 
#BSUB -J psipred 
#BSUB -W 01:00 
#BSUB -n 64 
#BSUB -o psipred.out 
#BSUB -e psipred.err 
module load compiler/gnu-4.8.0 
module load R/3.0.1 
export OMP_NUM_THREADS=4 

code=${HOME}/Phd/script_dev/rfpipeline.sh 
MYPATH=$HOME/Phd/script_dev/ 
cd ${MYPATH} 
${code} myfile 

，我寫了一個bash腳本，sender.sh雙方修改變量myfile用命令行參數，併發送修改後的文件關閉以BSUB：

#!/bin/bash 
sed "s/myfile/$1/g" < myprogram.sh | bsub 

是小心使用雙引號，這樣bash不會從字面上讀出$。然後，我只需運行./sender.sh jobfile.txt即可運行！

希望這可以幫助任何人。

Answer 2

這個答案應該解決您的問題：

https://unix.stackexchange.com/questions/144518/pass-argument-to-script-then-redirect-script-as-input-to-bsub

只是通過帶參數的腳本在BSUB命令結束。

Ex。 example.sh

#!/bin/bash export input=${1} echo "arg input: ${input}"

BSUB命令：

bsub [bsub args] "path/to/example.sh arg1"