從R類中的S4類輸出中檢索一個值

我正在R中編寫一個模擬函數。我決定使用S4類在函數中返回兩個值。當我運行模擬時，我想知道如何從輸出中檢索值以計算它們的分佈時刻，如平均值？從R類中的S4類輸出中檢索一個值

setClass(Class="Coalescent", 
     representation(
      TMRCA="numeric", 
      t_total="numeric" 
      ) 
     )

輸出看起來象下面這樣：

> TMRCA_sim <-replicate(10000, Coalescent_fun(n, Ne)) 
> head(TMRCA_sim) 
[[1]] 
An object of class "Coalescent" 
Slot "TMRCA": 
[1] 6.723592 

Slot "t_total": 
[1] 9.693661 


[[2]] 
An object of class "Coalescent" 
Slot "TMRCA": 
[1] 1.592346 

Slot "t_total": 
[1] 11.50406

我希望做的是提取「TMRCA」和「t_total」的所有值計算平均數。當然，我可以使用許多其他方式來進行模擬，但我想同時學習使用類。

來源

2015-05-29 Homap

你想要所有TMRCA值的均值和所有t_total值的均值嗎？或每個TMRCA/t_total對的平均值？如果是前者，你可能想重新考慮你的班級結構。 – BrodieG

我想要所有TMRCA值的均值和所有t_total值的均值。 – Homap

您可以提取您的數據轉換成一個矩陣：

mx <- sapply(TMRCA_sim, function(x) sapply(slotNames(x), slot, object=x))

對於一些由數據這是mx樣子：

   [,1]  [,2]  [,3]  [,4]  [,5] 
TMRCA 0.3823880 0.3403490 0.5995658 0.1862176 0.6684667 
t_total 0.8696908 0.4820801 0.4935413 0.8273733 0.7942399

然後你就可以使用rowMeans或apply：

rowMeans(mx) 
apply(mx, 1, mean) # equivalent, though slower and more flexible 
apply(mx, 1, var)

雖然正如我在我的評論中指出的，這是在R中做事情的速度非常慢。您希望Coalescent_fun能夠生成具有兩個向量的對象，每個向量具有多個條目，而不是每個模擬一個對象。

來源

2015-05-29 16:03:32 BrodieG

如果還有其他插槽，它們的值不是標量，那麼最好使用sapply（TMRCA_sim，slot，「TMRCA」）和sapply（TMRCA_sim，slot，「t_total」）'。 –

@ JoshO'Brien，絕對是（或者至少使用'vapply'，這樣就不會產生奇怪的結構） – BrodieG

從R類中的S4類輸出中檢索一個值

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