運行randomForest時出錯：未找到對象

所以我想爲我的數據集擬合隨機森林分類器。我對R很新，我想這是一個簡單的格式問題。運行randomForest時出錯：未找到對象

我在一個文本文件中讀取和轉換我的數據集因此它是這種格式：（取出信息保密）

>head(df.train,2) 

    GOLGA8A  ITPR3 GPR174 SNORA63 GIMAP8  LEF1 PDE4B LOC100507043 TGFB1I1 SPINT1 
Sample1 3.726046 3.4013711 3.794364 4.265287 -1.514573 7.725775 2.162616 -1.514573 -1.5145732 -1.514573 
Sample2 4.262779 0.9261892 4.744096 7.276971 -1.514573 4.694769 4.707387  2.031476 -0.8325444 2.615991 
... 
... 
CD8B  FECH PYCR1 MGC12916  KCNA3 resp 
Sample1 -1.514573 2.099336 3.427928 1.542951 -1.514573 1 
Sample2 -1.145806 1.204241 2.846832 1.523808 1.616791 1

本質列是我的特點，行我的樣本，最後一列是我的反應向量，它是一列因子，

然後我用：

set.seed(1) #Set the seed in order to gain reproducibility 

RF1 = randomForest(resp~., data=df.train,ntree=1000,importance=T,mtry=3)

只是想使用其他列的功能訓練對我的專欄resp的RF。

但我得到的錯誤：

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'PCNA-AS1' not found

然而，尋找到我的訓練集，我可以清楚地發現，塔，例如有：

sort(unique(colnames(df.train))

所以，我真的不理解的錯誤或從哪裏去。如果我沒有以正確的方式提出問題，我表示歉意，感謝任何幫助！

來源

2016-01-29 AHawks

你可以讓這個可重複的例子（又名提供'df.train'導致錯誤的示例數據）？ – josliber

總之，這是一個非常新手的錯誤，我輸入了一個矩陣而不是導致這個錯誤的data.frame。爲什麼它抱怨那個特定的專欄（這不是第一個專欄）與另一專欄相比，我仍然不明白。感謝您的幫助。乾杯，安東尼

來源

2016-01-29 03:22:54 AHawks

創建/鑄造data.frame時，check.names = TRUE。所以輸入data.frame可以解決問題，因爲非法col.names會被編輯。一般而言，randomForest比data.frame少得多的問題 –

我會懷疑這是來自您的數據框中有一個非法的變量名稱。讓我們來考慮，僅僅有一個響應變量resp名爲PCNA-AS1一個數據幀和變量（非法）：

(dat <- structure(list(`PCNA-AS1` = c(1, 2, 3), resp = structure(c(2L, 2L, 1L), .Label = c("0", "1"), class = "factor")), .Names = c("PCNA-AS1", "resp"), row.names = c(NA, -3L), class = "data.frame")) 
# PCNA-AS1 resp 
# 1  1 1 
# 2  2 1 
# 3  3 0

現在，當我們訓練隨機森林，我們得到指示的錯誤：

library(randomForest) 
mod <- randomForest(resp~., data=dat) 
# Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'PCNA-AS1' not found

自然解決這個問題的辦法是將你的變量名轉換爲合法的：

names(dat) <- make.names(names(dat)) 
dat 
# PCNA.AS1 resp 
# 1  1 1 
# 2  2 1 
# 3  3 0 
mod <- randomForest(resp~., data=dat)

現在模型訓練沒有錯誤。

來源

2016-01-29 01:17:12 josliber

感謝您的評論Josilber，我試圖轉換爲合法名稱，但那不是問題。這個錯誤實際上是我給了randomForest一個矩陣（而不是數據框），我認爲這並不重要，randomForest可以很容易地在兩者之間進行轉換。但我錯了，所以現在我解決了這個問題。 – AHawks

@AHawks好吧，那麼更重要的是你要編輯你的問題，使其重現！（又包括複製問題所需的代碼和數據）。嘗試將數據框中的列減少到可以重現問題的最小數字，然後發佈該數據集（如果您還沒有弄清楚首先發生了什麼）。 – josliber

是的，你是絕對正確的，那樣會更好，我會爲將來的問題做到這一點，只是習慣於在堆棧溢出中呈現問題，所以感謝您的建議！ – AHawks

運行randomForest時出錯：未找到對象

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