R，fftw，幷包含危險

Question

我正在嘗試安裝包裹Rcartogram，它依賴於fftw。我沒有問題，在Ubuntu FFTW安裝，感謝這個提問/回答：How to install the fftw3 package of R in ubuntu 12.04?

library(fftw) 

工作得很好，我有所有必需的庫，包括：

root@DUS-WKS-B2011:~# ls /usr/include/fftw* 
/usr/include/fftw3.f /usr/include/fftw3.h  /usr/include/fftw3q.f03 
/usr/include/fftw3.f03 /usr/include/fftw3l.f03 

和庫：

root@DUS-WKS-B2011:~# ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu/*fftw* 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.a     /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.so.3.4.4 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.a     /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.a 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.a    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.so 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.so   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.so.3 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.so.3   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.so.3.4.4 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.so.3.4.4  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.a 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.so    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.a 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.so.3    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.so 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.so.3.4.4   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.so.3 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.a   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.so.3.4.4 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.so  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.so 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.so.3  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.so.3 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.so.3.4.4 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.so.3.4.4 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.a     /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.a 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.a    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.so 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.so   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.so.3 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.so.3   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.so.3.4.4 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.so.3.4.4  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.so 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.so    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.so.3 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.so.3    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.so.3.4.4 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.so.3.4.4   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.a 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.a   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.so 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.so  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.so.3 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.so.3  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.so.3.4.4 

當我想安裝Rcartogram時，問題就開始了。原始網站已關閉，但幸運的是，它們將所有代碼移至github：https://github.com/omegahat/Rcartogram。我覺得更容易安裝！不幸的是，

install_github("omegahat/Rcartogram") 

提供了以下錯誤：

> install_github("omegahat/Rcartogram") 
Downloading GitHub repo omegahat/Rcartogram@master 
from URL https://api.github.com/repos/omegahat/Rcartogram/zipball/master 
Installing Rcartogram 
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD \ 
    INSTALL '/tmp/Rtmp3BpPB1/devtools5fd876a8a4b4/omegahat-Rcartogram-715cb93' \ 
    --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

* installing *source* package ‘Rcartogram’ ... 
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config 
Looking for fftw3 files in /usr/local 
Cannot find fftw.h 
ERROR: configuration failed for package ‘Rcartogram’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/Rcartogram’ 
Error: Command failed (1) 

該錯誤信息是明確的，它是尋找包括/usr/local，但他們在/usr/include。我如何告訴R在/usr/include中搜索它們？我需要類似-I/usr/include，但是

install_github("omegahat/Rcartogram", args = c('--configure-vars="-I/usr/include"')) 

或類似的嘗試不起作用。

我正在運行Ubuntu 14.10，64bit。

Answer 1

嘗試 install_github("omegahat/Rcartogram", args = c('--configure-vars="--with-fftw3=/usr"'))

自 https://github.com/omegahat/Rcartogram/blob/master/configure.in，

if test -r $FFTW3_DIR/include/fftw3.h ; then 
    PKG_CPPFLAGS="-I$FFTW3_DIR/include/" 
    ... 
fi; 

和https://github.com/omegahat/Rcartogram/blob/master/configure

# Check whether --with-fftw3 or --without-fftw3 was given. 
if test "${with_fftw3+set}" = set; then 
    withval="$with_fftw3" 
    FFTW3_DIR="$withval" 
fi;