將python-igraph圖轉換爲networkx

最近我一直在使用python-igraph軟件包，我所有的代碼都是基於使用igraph創建的圖。現在，我需要爲我的圖計算一些度量，這些度量顯然在networkx中實現，而不是在圖中實現，如（katz_centrality_numpy，edge_betweenness_centrality，...）。我想知道是否有辦法在這兩個包之間將一個圖轉換爲另一個圖，並且避免再次從文件讀取，因爲我的文件很大並且必須重複相同的過程。將python-igraph圖轉換爲networkx

順便說一句，當我經過的igraph圖形到networkx功能我收到以下錯誤：

TypeError: 'Graph' object is not iterable

謝謝:)

來源

2015-04-21 ahajib

你可以創建一個新的networkx圖形 - 只需要igraph的邊緣並用它們生成一個networkx圖形 –

@EllaShar任何想法networkx中有什麼方法可以做到這一點？ – ahajib

您可以啓動networkx圖與邊緣：

Graph([(1,2), (3,4)])

請參閱the documentation。

編輯：

這是如何使用它（謝謝你nimafl的代碼）：

是igraph圖中，我們創建G這是一個networkx圖。

import networkx 
A = graph.get_edgelist() 
G = networkx.DiGraph(A) # In case your graph is directed 
G = networkx.Graph(A) # In case you graph is undirected

來源

2015-04-21 22:49:08

感謝Ella，這幫助我弄清楚瞭如何解決我的問題:) – ahajib

好吧，我想出了自己。這是你應該做的。假設你的python.igraph對象稱爲圖形，我們創建一個networkx圖稱爲圖G如下：

import networkx as netx 

A = [edge.tuple for edge in graph.es] 
# In case your graph is directed 
G = netx.DiGraph(A) 
# In case you graph is undirected 
G = netx.Graph(A)

graph.es返回圖形邊緣列表，然後所有的人都加入到A和使用矩陣A，我們創建一個graph在網絡x。

祝你的代碼:)

來源

2015-04-21 23:36:43 ahajib

您可以簡單地編寫'graph.get_edgelist（）' - 它可能不是寫''[edge.tuple for graph.es]稍微快一點。 –

當我嘗試存儲節點的名稱/雙方的igraph或NX的邊緣，這是我的一行代碼版本，也傳送節點的名稱，而從IGRAPH對象轉移，g ，與nx，G，結果：

G = nx.from_edgelist([(names[x[0]], names[x[1]]) 
         for names in [g.vs['name']] # simply a let 
         for x in g.get_edgelist()], nx.DiGraph())

此外，如果您需要相反的方式，看看this answer。

來源

2017-07-16 11:08:40

將python-igraph圖轉換爲networkx

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