qvalue結果混亂，是兩列？

Question

我使用來自qvalue包（bioconductor）的qvalue，並將其應用於來自t.test的pvalues。然後我將結果寫到一個txt文件中，但是我有兩列，一列用於pvalues，另一列用於qvalues。爲什麼發生這種情況？

PVal<-as.matrix(Pval) 
str(PVal) 
qobj <- qvalue(PVal) 
qwrite(qobj, filename = "my-qvalue-results.txt") 

Answer 1

這是函數的預期行爲。它返回估計qvalue的和原來的p值，你可以看到如下（從vignette拍攝）兩種：

qvalues: A vector of the estimated q-values (the main quantity of interest)

pvalues A vector of the original p-values

作爲一個簡單的例子：

set.seed(9) 
#fake p-values 
a <- runif(15) 
qvalue(a) 

> identical(a, qvalue(a)$pvalues) 
[1] TRUE 

正如你所看到的p值是相同的在運行qvalue函數之前和之後。

如果您對它們沒有興趣，您可以忽略p值列。此外，如果你只是想輸出中的qvalue的事：

#you should be using write and not qwrite (qwrite doesnt exist) 
qwrite(qobj$qvalues, filename = "my-qvalue-results.txt")