Mac上的API安裝錯誤

Question

我在安裝ensembl API時遇到問題。我一直在使用website上的安裝指南。首先，我很難獲得DBI和DBD mySQL模塊，但是一旦我使用perlbrew，我就沒有問題了。然而運行ping指令以後我收到錯誤消息：

ERROR: Error detected when connecting to Ensembl! 
Looks like you need to setup your PERL5LIB with the Ensembl API. Please  consult http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html 
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If the problem persists please send the following error message to helpdesk@ensembl.org 
Can't locate Bio/EnsEMBL/Registry.pm in @INC (@INC contains: /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/site_perl/5.14.4/darwin-thread-multi-2level /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/site_perl/5.14.4 /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/5.14.4/darwin-thread-multi-2level /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/5.14.4 .) at ./ping_ensembl.pl line 117. 

我已經按照安裝指導，以我所知，也找不到別的在線幫助。任何意見非常感謝。

Answer 1

我們看不到您的代碼，但似乎很清楚問題是什麼。您需要設置您的環境，如鏈接到的頁面上第3點所述，該頁面解釋了API安裝。奇怪的是，沒有構建/安裝過程，因此您必須手動擴展PERL5LIB變量以指向正確的位置。您可以運行echo $PERL5LIB以查看解釋器將在何處搜索模塊。

您發佈的錯誤消息顯示您需要爲腳本工作添加正確的Ensembl目錄。一個簡單的測試是在命令行運行perl -MBio::EnsEMBL::Registry -e 1。如果它不打印任何東西，那麼一切都設置正確。如果看到相同的錯誤消息，則表示PERL5LIB變量設置不正確。