在特定節點

Question

合併兩個樹狀圖，我想要麼：

1. 刪除子樹然後合併一個新的子樹到原來的樹狀圖，以便它是在同一位置上的一個刪除。
2. 或用另一個替換一個子樹。

我知道merge()可以合併頂部的兩個樹形圖。它是否也在指定的節點上合併它。如果是這樣如何？如果沒有，是否有另一種方法可以做到這一點？

我知道cut()在某個高度或特定數量的節點上切割樹形圖。但是，如何讓它只刪除特定的子樹？

子樹的規格將是其中第一個節點的屬性。例如attr(n,"attribute")== something，這可以通過dendrapply()完成。

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下面是如何製作樹狀圖的示例代碼。

library("stats") 
library("fastcluster") 

x=matrix(c(1:20),ncol=4) 
y=matrix(c(21:40),ncol=4) 

#creating hclusters 
xcl=hclust.vector(x) 
ycl=hclust.vector(y) 

#converting to dendrograms 
xdend=as.dendrogram(xcl) 
ydend=as.dendrogram(ycl) 

# merging two dendrograms at the top 
zdend=merge(xdend,ydend) 

- 注：我發現瞭如何通過以下替換子樹。

merging <- function(n,subtree){ 
    if (attr(n,"members")==2){ 
    treeMerged2<<- merge(n,subtree)}} 


    D=rbind(
    + c(1,1,1,1,1), 
    + c(1,2,1,1,1), 
    + c(2,2,2,2,2), 
    + c(2,2,2,2,1), 
    + c(3,3,3,3,3), 
    + c(3,3,3,3,2)) 

Ddend=as.dendrogram(hclust.vector(D)) 

    tr=dendrapply(Ddend,merging, xdend) 

問題：

1）它取代它的姐妹子樹而不是一個期望的。

2）原始樹沒有變化。

3）創建的新樹「treeMerged2」只有附加的子樹和姐妹子樹，而不是樹的其餘部分。

問：

• 我如何使輸出是原來的樹在它新的子樹？

謝謝。

Answer 1

您可以使用dendextend包中的prune函數，該函數包完全爲此類設計而設計。 （看看?prune）。一旦修剪，您可以使用merge功能。

如果您需要替換樹的特定子部分中的樹，我相信這是目前不可能使用通用函數。您可以使用nestes [[ ]]手動添加子樹，但請注意，您將獲得的屬性將不再正確（特別是成員數量，也可能是高度）。因此，爲了解決這個問題，您需要更加認真地考慮這個問題（如果您需要解決這個問題，可以邀請提交補丁給dendextend，或者發郵件給我：tal.galili@gmail.com）