讀一.tps形態測量文件爲R

我期待讀.tps文件到R.讀一.tps形態測量文件爲R

示例文件現已在：

example file

實際的文件我試圖讀入R顯然有更多的個人/ ID（> 1000）

.tps文件格式由TPSDIG生成。

http://life.bio.sunysb.edu/morph/

該文件是ANSI純文本文件。

該文件包含X和Y座標和樣本信息如下。

主要困難在於標本在屬性數量上有所不同（例如，一些有4個，有些有6個LM界標，有些有2條曲線，其他沒有，因此沒有關聯點）。

我已經嘗試使用for循環和read.table，但無法找到解決不同數量屬性的方法。

文件開始

LM=3 
1 1 
2 2 
3 3 
CURVES=2 
POINTS=2 
1 1 
2 2 
POINTS=2 
1 1 
2 2 
IMAGE=COMPLETE/FILE/PATH/IMAGE 
ID=1 
SCALE=1 
LM=3 
1 1 
2 2 
3 3 
CURVES=2 
...

例虛設碼，如果所有的標本有屬性的數量相等，工程實例。

i<-1 
landmarks<-NULL 
while(i < 4321){ 

    print(i) 

    landmarks.temp<-read.table(file="filepath", sep=" ", header=F, skip=i, nrows=12, col.names=c("X", "Y")) 
    i<-i+13 
    landmarks.temp$ID<-read.table(file="filepath", sep=c(" "), header=F, skip=i, nrows=1, as.is=T)[1,1] 
    i<-i+1 
    landmarks.temp$scale<-read.table(file="filepath", sep=c(" "), header=F, skip=i, nrows=1, as.is=T)[1,1] 
    i<-i+2 

    landmarks<-rbind(landmarks, landmarks.temp) 

    print(unique(landmarks.temp$ID)) 
}

來源

2012-03-15 Etienne Low-Décarie

我想你會想用'scan'和/或'readLines'來實現更好的控制... – 2012-03-15 23:09:30

謝謝Bolker教授， – 2012-03-16 12:34:44

謝謝Bolker教授，然而read.table似乎提供了作爲'掃描'（它是一個包裝）或'readLines'具有很大的靈活性。我開始認爲我需要逐行閱讀（使用'read.table'，'readLines'或'scan'），併爲每行可能的值和前一行寫入條件。我正在跳躍的人可能已經完成了這項工作。 – 2012-03-16 12:42:08

我不完全清楚你在輸出中尋找什麼。我假定一個標準的數據框架，其中X，Y，ID和Scale是變量。

試試這個功能，我扔在一起，看看它給你輸出的，你要尋找的類型：

read.tps = function(data) { 
     a = readLines(data) 
     LM = grep("LM", a) 
     ID.ind = grep("ID", a) 
     images = basename(gsub("(IMAGE=)(.*)", "\\2", a[ID.ind - 1])) 

     skip = LM 
     nrows = as.numeric(gsub("(LM=)([0-9])", "\\2", grep("LM", a, value=T))) 
     l = length(LM) 

     landmarks = vector("list", l) 

     for (i in 1:l) { 
     landmarks[i] = list(data.frame(
      read.table(file=data, header=F, skip=LM[i], 
         nrows=nrows[i], col.names=c("X", "Y")), 
      IMAGE = images[i], 
      ID = read.table(file=data, header=F, skip=ID.ind[i]-1, 
          nrows=1, sep="=", col.names="ID")[2,], 
      Scale = read.table(file=data, header=F, skip=ID.ind[i], 
           nrows=1, sep="=")[,2])) 
     } 
     do.call(rbind, landmarks) 
    }

加載了功能後，您可以通過鍵入使用它：

read.tps("example.tps")

其中「example.tps」是您工作目錄中.tps文件的名稱。

如果你想你的分配輸出到一個新的對象，你可以使用標準：

landmarks <- read.tps("example.tps")

來源

2012-03-16 17:37:43 A5C1D2H2I1M1N2O1R2T1

太棒了！ readLines和grep是我缺少的關鍵。這將解開許多未來類似的問題。 – 2012-03-17 03:23:40

我不知道有多少人會喜歡這個功能，但也許你可以在github或類似的地方發佈它。 – 2012-03-17 06:54:28

@ EtienneLow-Décarie，你可以看看這個函數的版本[我在Git Hub上發佈]（https://gist.github.com/2062329），我在其中添加了評論，所以你可以看到究竟是如何解決你的挑戰。 – A5C1D2H2I1M1N2O1R2T1 2012-03-17 19:39:26

也許值得一提的是，現在有r包geomorph具有功能readland.tps()這一點。

來源

2015-07-20 22:19:21 cengel

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