關於Python程序來計算一個水分子的氧與其他水分子的氫之間的距離

我在gromacs中進行md模擬後每個都有0.5 ps的軌跡。我想計算一個水分子（OW）的氧與其他水分子的氫（HW1，HW2）之間的距離，即28SOL與HW1的OW，30SOL的HW2，28SOL的OW與HW1之間的距離， 31SOL的HW2和所有組合在t = 0.00，在t = 0.500 ....關於Python程序來計算一個水分子的氧與其他水分子的氫之間的距離

Generated by trjconv : Protein t= 0.00000 
    28SOL  OW 115 0.439 0.940 1.110 
    28SOL HW1 116 0.462 1.020 1.055 
    28SOL HW2 117 0.414 0.864 1.050 
    29SOL  OW 118 1.626 1.796 1.779 
    29SOL HW1 119 1.550 1.763 1.834 
    29SOL HW2 120 1.594 1.871 1.720 
    30SOL  OW 121 1.022 0.116 0.460 
    30SOL HW1 122 0.955 0.125 0.533 
    30SOL HW2 123 1.002 0.182 0.388 
    31SOL  OW 124 1.063 0.349 1.874 
    31SOL HW1 125 1.028 0.428 1.824 
    31SOL HW2 126 1.129 0.300 1.816 
    32SOL  OW 127 1.726 0.716 1.886 
    32SOL HW1 128 1.737 0.680 1.793 
    32SOL HW2 129 1.799 0.782 1.905 
. 
. 
. 
Generated by trjconv : Protein t= 0.50000 
    28SOL  OW 115 0.494 1.029 1.115 
    28SOL HW1 116 0.529 1.116 1.080 
    28SOL HW2 117 0.465 0.971 1.039 
    29SOL  OW 118 1.566 1.834 1.772 
    29SOL HW1 119 1.556 1.767 1.846 
    29SOL HW2 120 1.476 1.864 1.742 
    30SOL  OW 121 0.913 0.070 0.385 
    30SOL HW1 122 0.876 0.086 0.477 
    30SOL HW2 123 0.880 0.142 0.323 
    31SOL  OW 124 1.089 0.344 1.872 
    31SOL HW1 125 1.028 0.403 1.820 
    31SOL HW2 126 1.154 0.300 1.809 
. 
. 
.

我怎麼能寫一個Python代碼來計算這個距離...

來源

2017-06-01 Dilip.H.N

我們大多數人都不是物理學家，如果你問一個編程問題，然後提供一個書面算法，我們可以幫助你將其轉換爲代碼。如果你問的是化學/物理問題，我認爲你不在正確的位置。 – SteveJ

我可以把正確的地方張貼，並讓我的疑惑清除.. ??任何論壇/網頁.. ?? –

有chemhelpforum.com，可能還有其他人。如果你可以詳細說明算法，那麼有人可以幫助你將它變成代碼。 – SteveJ

這是什麼gmx距離確實有索引組的正確選擇。

來源

2017-06-20 02:25:26 mabraham

關於Python程序來計算一個水分子的氧與其他水分子的氫之間的距離

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