在R中使用foreach（）來加速ggplot2的循環

我想創建一個PDF文件，其中包含數百個以特定順序繪製的圖。在R中使用foreach（）來加速ggplot2的循環

我的策略是使用foreach（）並將每個ggplot2對象存儲到輸出列表中，然後將每個ggplot2對象打印到輸出文件。

例如，我想繪製價格的柱狀圖各因素「克拉」的鑽石數據集：

library(ggplot2) 
library(plyr) 
library(foreach) # for parallelization 
library(doParallel) # for parallelization 

#setup parallel backend to use 4 processors 
cl<-makeCluster(4) 
registerDoParallel(cl) 

# use diamonds dataset 
carats.summary <- ddply(diamonds, .(carat), summarise, count = length(carat)) 

m.list <- foreach(i = 1:length(carats.summary$carat), 
        .packages = "ggplot2") %dopar% { 
        jcarat = carats.summary$carat[i] 
        m <- ggplot(subset(diamonds, carat == jcarat), aes(x = price)) + 
         geom_histogram() 
        print(m) 
}

有了這個代碼，我希望能創造GGPLOT2對象的列表，我然後可以以有序的方式（例如，在遞增的克拉中）保存到單個pdf文件中（例如使用pdf()）。

但是，在運行這將導致一個錯誤消息：

Error in serialize(data, node$con) : error writing to connection

我懷疑這是由於這樣的事實，如果我試圖GGPLOT2對象追加到一個列表，我會得到一個警告消息，這樣：

lst <- vector(mode = "list") 
lst[1] <- m 


Warning message: 
In lst[1] <- m : 
    number of items to replace is not a multiple of replacement length

雖然這是純粹的推測，我可能是錯的。

有沒有人有想法如何使用foreach()將ggplot2對象保存到列表中？或某種方式來並行for環路涉及ggplot2？

在此先感謝。

來源

2015-01-05 jakeyeung

這是一個很好的點。 'lst [[1]] < - m'可以工作，但我不知道如何將它轉換爲我的'foreach（）'循環。也許我會查看文檔中的'.combine'選項。 – jakeyeung

對不起，我誤解了你的問題，那個評論並不完全相關。我現在正在處理一個實際的答案。 – nrussell

沒關係，@MrFlick指出你的問題。你可能會在'foreach'循環中調用'ggsave'，或者做一些不像'sapply（1：length（m.list），function（x）'）的文件（file = paste0（「; F：/ TempDir/Plot _」，x，「。pdf」））; print（m.list [[x]]）; dev.off（）; }）''替換適當的文件路徑我的「F：/ TempDir /」）。 – nrussell

您不應該在循環內打印對象，只需創建ggplot對象。僅在打開圖形設備時纔打印。

m.list <- foreach(i = 1:length(carats.summary$carat), 
    .packages = "ggplot2") %dopar% { 
    jcarat = carats.summary$carat[i] 
    ggplot(subset(diamonds, carat == jcarat), aes(x = price)) + 
     geom_histogram() 
}

，那麼你可以在他們那裏得到與

m.list[[1]]

等等

來源

2015-01-05 20:16:49 MrFlick

在R中使用foreach（）來加速ggplot2的循環

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