附圖（曼哈頓圖）包含來自基因組和X軸的染色體位置-log（p），其中p是與點（變體）相關的p值，從那個特定的位置。 enter image description here 曼哈頓圖中的峯檢測

我已經使用下述R代碼來生成它（從間隙包）：

require(gap) 
affy <-c(40220, 41400, 33801, 32334, 32056, 31470, 25835, 27457, 22864, 28501, 26273, 
    24954, 19188, 15721, 14356, 15309, 11281, 14881, 6399, 12400, 7125, 6207) 
CM <- cumsum(affy) 
n.markers <- sum(affy) 
n.chr <- length(affy) 
test <- data.frame(chr=rep(1:n.chr,affy),pos=1:n.markers,p=runif(n.markers)) 
oldpar <- par() 
par(cex=0.6) 
colors <- c("red","blue","green","cyan","yellow","gray","magenta","red","blue","green",   "cyan","yellow","gray","magenta","red","blue","green","cyan","yellow","gray","magenta","red") 
mhtplot(test,control=mht.control(colors=colors),pch=19,bg=colors) 
> head(test) 
    chr pos   p 
1 1 1 0.79296584 
2 1 2 0.96675136 
3 1 3 0.43870076 
4 1 4 0.79825513 
5 1 5 0.87554143 
6 1 6 0.01207523

我對獲得高於某一閾值的曲線的峯的座標（-log （p））。

來源

2013-02-25 agatha

你是什麼意思的「過零」？ – 2013-02-25 13:57:41

「峯值的一階導數在峯值最大處有一個向下的過零點」 - 從這裏開始：http://terpconnect.umd.edu/~toh/spectrum/PeakFindingandMeasurement.htm#findpeaks;我不確定我的理解是否正確 – agatha 2013-02-25 14:03:26

@agatha，這與您在[** biostars **]（http://www.biostars.org/p/64416/#64558）上詢問的問題有何不同提供了一個答案..？ – Arun 2013-02-25 14:34:22

如果你希望值的第99百分位數以上的指標：

# Add new column with log values 
test = transform(test, log_p = -log10(test[["p"]])) 
# Get the 99th percentile 
pct99 = quantile(test[["log_p"]], 0.99)

...並從原始數據test獲取值：

peaks = test[test[["log_p"]] > pct99,] 
> head(peaks) 
    chr pos   p log_p 
5  1 5 0.002798126 2.553133 
135 1 135 0.003077302 2.511830 
211 1 211 0.003174833 2.498279 
586 1 586 0.005766859 2.239061 
598 1 598 0.008864987 2.052322 
790 1 790 0.001284629 2.891222

您可以與任何使用此閾。請注意，我還沒有計算的一階導數，看到一些指針這樣的疑問：

How to calculate first derivative of time series

計算一階導數後，你可以通過查看一階導數是時間序列點找到峯值（幾乎）爲零。確定這些峯後，您可以檢查哪些峯高於閾值。

來源

2013-02-25 13:52:52

好吧，這是工作......我已經嘗試了我的數據以及...我看不到森林在樹後面。謝謝。 – agatha 2013-02-25 14:13:21

然而，我仍然無法區分哪一個是峯值或不是...所以從這個結果我需要一個額外的過濾器.. p值是不夠的，因爲我不知道我正在尋找哪些點爲.. – agatha 2013-02-25 14:15:42

我在我的答案中增加了更多信息。 – 2013-02-25 14:30:59

基於繪圖您可以使用下面的R代碼裏面找到圖形之後我的經驗，峯值協調

圖（X [，1]，X [，2]）

識別（X [，1]，x [，2]，labels = row.names（x））

請注意這裏x [，1]指的是x座標（基因座座標和x [，2]會#your -log10P值

此時使用點您的鼠標來選擇一個點，然後回車這#will給你的峯值位置，然後輸入以下代碼來獲取#coordinate

COORDS < - 定位器（TYPE =「L」）

coords

來源

2016-09-30 22:38:50 akhan

曼哈頓圖中的峯檢測

回答

請注意這裏x [，1]指的是x座標（基因座座標和x [，2]會#your -log10P值

此時使用點您的鼠標來選擇一個點，然後回車這#will給你的峯值位置，然後輸入以下代碼來獲取#coordinate

相關問題