有沒有更好的/有效的方式來編寫這個python腳本

嗨，我寫下這個腳本，基本上用df中的另一列與增量id的替換列中的一個。該腳本工作得很好，但我想知道是否有更好/有效的方式來寫這個。有沒有更好的/有效的方式來編寫這個python腳本

import sys 

fh_in = open(sys.argv[1], 'r') 
fh_out = open(sys.argv[2], 'w') 

count = 1 
dict = {} 
final = list() 

for line in fh_in: 
    line = line.strip() 
    line = line.split() 
    if count < 10: 
     dict[line[3]] = "Bra100000" + str(count) 
     count = count + 1 
    else: 
     dict[line[3]] = "Bra10000" + str(count) 
     count = count + 1 
    test = "{:10s}" .format(dict[line[3]]) 
    fh_out.write(line[0]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[1]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[2]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[1]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(test) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[4]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[5]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[6]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[7]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[8]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[9]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[10]) 
    fh_out.write("\t") 
    fh_out.write(line[11]) 
    fh_out.write("\n")

輸入是

A01  158188 158533 Contig545|m.1503  228  +  158188 158533 255,0,0 1  345  0 
A01  272139 272465 comp285432_c0_seq1|m.9436  230  -  272139 272465 255,0,0 1  326  0 
A01  339617 340806 TCONS_00003584|m.11226 157  -  339617 340806 255,0,0 5  95,127,68,50,432  0,190,467,619,757 
A01  888838 889347 Contig1477|m.3679  92  -  888838 889347 255,0,0 1  509  0 
A01  1165488 1165761 comp3043338_c0_seq1|m.9546  228  -  1165488 1165761 255,0,0 1  273  0 
A01  1167009 1167386 Contig1598|m.4011  238  -  1167009 1167386 255,0,0 1  377  0 
A01  1234347 1234827 comp260850_c0_seq1|m.10201  85  +  1234347 1234827 255,0,0 1  480  0

輸出是

A01  158188 158533 158188 Bra1000001  228  +  158188 158533 255,0,0 1  345  0 
A01  272139 272465 272139 Bra1000002  230  -  272139 272465 255,0,0 1  326  0 
A01  339617 340806 339617 Bra1000003  157  -  339617 340806 255,0,0 5  95,127,68,50,432  0,190,467,619,757 
A01  888838 889347 888838 Bra1000004  92  -  888838 889347 255,0,0 1  509  0 
A01  1165488 1165761 1165488 Bra1000005  228  -  1165488 1165761 255,0,0 1  273  0 
A01  1167009 1167386 1167009 Bra1000006  238  -  1167009 1167386 255,0,0 1  377  0 
A01  1234347 1234827 1234347 Bra1000007  85  +  1234347 1234827 255,0,0 1  480  0

來源

2014-10-27 upendra

這個問題似乎是題外話因爲它涉及工作代碼。它屬於[codereview.se]。 – davidism 2014-10-27 23:28:08

感謝您指點我正確的地方。我從來不知道這一點。 – upendra 2014-10-27 23:30:36

對於很多fh_out.write，你可以寫：

output = '\t'.join(line[:3] + [line[1], test] + line[4:12]) + '\n' 
fh_out.write(output)

來源

2014-10-28 02:00:42 ZZY

有沒有更好的/有效的方式來編寫這個python腳本

回答

相關問題