用列替換偶數行

我有一個SNPSfile用於在Bayenv中創建協方差矩陣，因此該文件中的每個列對應的總體數和行數都是SNP，但對於每個SNP我有2行（對於兩個等位基因），像下面（2個* nsnps 「行」和npops 「列」）：用列替換偶數行

7  2  2  0  6  2  2 
1  0  0  0  0  0  0 
0  2  2  0  0  0  0 
1  0  0  0  0  0  0

因此，在這個例子中上述我有7個種羣（列）和2個SNP（行）。我需要修改這個文件的格式。在新文件中，每行應該對應一個SNP，並且列的數量應該是總體數量的兩倍，因爲每對數字對應於每個等位基因。因此，新的文件應該是這樣的（nsnps「行」和2個* npops「列」）：

7 1 2 0 2 0 0 0 6 0 2 0 2 0 
0 1 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0

有沒有什麼辦法，我能做到這一點操縱R'我希望有任何建議。

來源

2017-05-23 Anna1364

那是一個數據幀？ – Sotos

是的，這是一個數據幀 – Anna1364

使用：

x <- split(mydf, rep(1:(nrow(mydf)/2),each=2)) 

t(sapply(x, function(x) matrix(as.matrix(x))))

給出：

[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14] 
1 7 1 2 0 2 0 0 0 6  0  2  0  2  0 
2 0 1 2 0 2 0 0 0 0  0  0  0  0  0

你也可以這樣做：

x <- split(mydf, rep(1:(nrow(mydf)/2),each=2)) 
newdf <- do.call(rbind.data.frame, lapply(x, function(x) matrix(as.matrix(x), nrow = 1)))

，並得到一個數據幀回：

> newdf 
    V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 V11 V12 V13 V14 
1 7 1 2 0 2 0 0 0 6 0 2 0 2 0 
2 0 1 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
> class(newdf) 
[1] "data.frame"

使用的數據

mydf <- structure(list(V1 = c(7L, 1L, 0L, 1L), V2 = c(2L, 0L, 2L, 0L), V3 = c(2L, 0L, 2L, 0L), V4 = c(0L, 0L, 0L, 0L), V5 = c(6L, 0L, 0L, 0L), V6 = c(2L, 0L, 0L, 0L), V7 = c(2L, 0L, 0L, 0L)), 
        .Names = c("V1", "V2", "V3", "V4", "V5", "V6", "V7"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))

來源

2017-05-23 19:42:59 Jaap

非常感謝Jaap，這正是我想要的。完美的作品。 – Anna1364

如果您基本上想要數據的子集，只獲取偶數行，您可以執行以下操作。假設數據存儲在矩陣m中。在這裏，我通過使用seq()函數生成一系列代表行索引的數字序列來選擇行。這也適用於data.frames。

> m <- matrix(c(1:33), nrow = 11, ncol = 3, byrow = TRUE) 
> m 
     [,1] [,2] [,3] 
[1,] 1 2 3 
[2,] 4 5 6 
[3,] 7 8 9 
[4,] 10 11 12 
[5,] 13 14 15 
[6,] 16 17 18 
[7,] 19 20 21 
[8,] 22 23 24 
[9,] 25 26 27 
[10,] 28 29 30 
[11,] 31 32 33 
> m[seq(from=2, to=nrow(m), by=2),] 
    [,1] [,2] [,3] 
[1,] 4 5 6 
[2,] 10 11 12 
[3,] 16 17 18 
[4,] 22 23 24 
[5,] 28 29 30

來源

2017-05-23 19:23:02

用列替換偶數行

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