如何測試一系列部分是否有空隙？

Question

我在數據集中有幾個（冰）核心部分樣本（下例中爲ID）。有些內核缺少部分（即缺口），但我不知道哪些內核。如何使用R找到這個？

實施例：

dt <- structure(list(ID = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 
3L, 3L, 3L), .Label = c("a", "b", "c"), class = "factor"), Sec.start = c(0, 
5, 10, 20, 50, 100, 200, 0, 5, 10, 30), Sec.end = c(5, 10, 20, 
30, 100, 200, 400, 5, 10, 20, 50), Section = c("0-5", "5-10", 
"10-20", "20-30", "50-100", "100-200", "200-400", "0-5", "5-10", 
"10-20", "30-50")), .Names = c("ID", "Sec.start", "Sec.end", 
"Section"), row.names = c(NA, -11L), class = "data.frame") 

dt 

    ID Sec.start Sec.end Section 
1 a   0  5  0-5 
2 a   5  10 5-10 
3 a  10  20 10-20 
4 a  20  30 20-30 
5 b  50  100 50-100 
6 b  100  200 100-200 
7 b  200  400 200-400 
8 c   0  5  0-5 
9 c   5  10 5-10 
10 c  10  20 10-20 
11 c  30  50 30-50 

「a」 和 「b」 的不具有間隙，而 「C」 不（缺失20和30之間片），所以我是下面的結果後：

$a 
[1] TRUE 

$b 
[1] TRUE 

$c 
[1] FALSE 

Answer 1

你可以試試：

lapply(split(dt,dt$ID),function(x) all(x[-1,2]==x[-nrow(x),3])) 
#$a 
#[1] TRUE 
#$b 
#[1] TRUE 
#$c 
#[1] FALSE 

Answer 2

這裏有一個dplyr方法：

library(dplyr) 
dt %>% 
    group_by(ID) %>% 
    summarise(check = all(Sec.end == lead(Sec.start, default = last(Sec.end)))) 
#Source: local data table [3 x 2] 
# 
#  ID check 
# (fctr) (lgl) 
#1  a TRUE 
#2  b TRUE 
#3  c FALSE 

或者使用data.table相同：

library(data.table) 
setDT(dt)[, .(check = all(Sec.end == shift(Sec.start, 1L, 'lead', fill = last(Sec.end)))), 
       by=ID] 
# ID check 
#1: a TRUE 
#2: b TRUE 
#3: c FALSE 

這兩種方法都利用滯後/超前功能（在data.table稱爲shift）來比較每個Sec.end值到下一行的Sec.start值。在最後一行，沒有前導的Sec.start值，我們提供默認值，這是最後一行的Sec.end - 這意味着最後一行（每個ID）總是TRUE。我們使用all來檢查是否所有的比較是每個ID TRUE。