的R - heatmap.2：重新排序行和列

我生成使用gplots包的heatmap.2熱圖：的R - heatmap.2：重新排序行和列

library(gplots) 
abc <-read.csv(file="abc.txt", header=T, sep="\t", dec=".") 
abcm<-as.matrix(abc) 
def <-read.csv(file="def.txt", header=T, sep="\t", dec=".") 
defm<-as.matrix(def) 
mean <-read.csv(file="mean.txt", header=T, sep="\t", dec=".") 
meanm<-as.matrix(mean) 
distance.row = dist(as.matrix(def), method = "euclidean") 
cluster.row = hclust(distance.row, method = "average") 
distance.col = dist(t(as.matrix(abc)), method = "euclidean") 
cluster.col = hclust(distance.col, method = "average") 
my_palette <- colorRampPalette(c("red", "yellow", "green"))(n = 299) 

heatmap.2(meanm, trace="none", dendrogram="both", Rowv=as.dendrogram(cluster.row), Colv=as.dendrogram(cluster.col), margins = c(7,7), col=my_palette)

與兩個不同的聚類方法爲每個樹狀圖。

現在我要重新排序的對象，從而使綠色方塊形成對角。我怎麼做？

編輯：我的樣本輸入這裏

structure(c(1, 0.6798, 0.6604, 0.7101, 0.6771, 0.6725, 0.6696, 
0.6548, 0.676, 0.6811, 0.6798, 1, 0.656, 0.6763, 0.8163, 0.781, 
0.7811, 0.6503, 0.7811, 0.855, 0.6604, 0.656, 1, 0.6532, 0.6498, 
0.6459, 0.6455, 0.7532, 0.6521, 0.6536, 0.7101, 0.6763, 0.6532, 
1, 0.672, 0.669, 0.6669, 0.6517, 0.6748, 0.6786, 0.6771, 0.8163, 
0.6498, 0.672, 1, 0.7828, 0.7838, 0.6441, 0.7736, 0.8227, 0.6725, 
0.781, 0.6459, 0.669, 0.7828, 1, 0.8361, 0.6447, 0.7574, 0.7796, 
0.6696, 0.7811, 0.6455, 0.6669, 0.7838, 0.8361, 1, 0.638, 0.7566, 
0.7772, 0.6548, 0.6503, 0.7532, 0.6517, 0.6441, 0.6447, 0.638, 
1, 0.6563, 0.6459, 0.676, 0.7811, 0.6521, 0.6748, 0.7736, 0.7574, 
0.7566, 0.6563, 1, 0.7778, 0.6811, 0.855, 0.6536, 0.6786, 0.8227, 
0.7796, 0.7772, 0.6459, 0.7778, 1), .Dim = c(10L, 10L), .Dimnames = list(
    c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5", "sp6", "sp7", "sp8", 
    "sp9", "sp10"), c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5", "sp6", 
    "sp7", "sp8", "sp9", "sp10")))

來源

2017-08-15 rororo

使用，可以包括樣本數據？最簡單的方法可能是將'dput（）'與你的數據的一個子集一起使用。 –

@LukeC看我的編輯！ – rororo

Thanks @ rororo-我認爲完整性需要包含'cluster.row'和'cluster.col'，以便用戶可以真正地繪製熱圖。但是，我可能會誤解你 - 你想重新排列你的行和列，以便得到一個對角線。這不會破壞你的樹狀圖嗎？對於sp 4，1，8和3，它不一定重要（只是翻轉該分支），但對於sp 9，6和7，我看不到允許對角線的樹狀圖配置。有關更多信息，請參閱'heatmap.2'的'Rowv'和'Colv'參數。如果我不理解你，我表示歉意！ –

reorder.dendrogram翻轉分支的功能。

reorder(as.dendrogram(cluster.col), 10:1) 
reorder(as.dendrogram(cluster.row), 10:1)

在

heatmap.2(meanm, trace="none", dendrogram="both", 
Rowv=reorder(as.dendrogram(cluster.row), 10:1), 
Colv=reorder(as.dendrogram(cluster.col), 10:1), 
margins = c(7,7), breaks=breaks,col=hm.colors, na.color="white", 
main="mean(AAI+ANI)", xlab="AAI clustering", ylab="ANI clustering", srtCol=45)

來源

2017-08-22 07:10:00 rororo

的R - heatmap.2：重新排序行和列

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