igraph固定節點座標佈局

我發現這個answer真的很有用。它可以幫助我繪製網絡/圖形並選擇圖中節點的座標。igraph固定節點座標佈局

但是，佈局重新調整座標爲-1到1.首先我試圖找出它是如何做到這一點，但不能。它做這樣的事情？

(coordinate - mean(coordinates))/(coordinate + mean(coordinates)

其次有沒有辦法保持原來的座標？我喜歡用圖表製作座標軸，所以不希望頂部重新調整一切。

來源

2012-06-28 user1320502

您的第一個問題的答案在plot.igraph函數的源代碼中;在R提示符下鍵入plot.igraph以獲取完整的源代碼。書中有一部分它說：

layout <- layout.norm(layout, -1, 1, -1, 1)

layout.norm是igraph這確實魔法爲你的另一功能;鍵入layout.norm以查看它是如何工作的。

現在，第二個問題的答案非常簡單;只需將rescale=F傳遞給參數plot，這會使igraph跳過plot.igraph中的整個分支，其中layout.norm被調用，因此它將與您的原始座標一起工作。然後，您可以像往常一樣使用xlim和ylim來設置X軸和Y軸的極限。

來源

2012-06-28 23:39:54

非常感謝您的幫助，現在檢查源代碼。儘管ylim = c（0,6）使xlim範圍也變爲6，但是軸限制看起來似乎是連在一起的。這是令人討厭的，但這是一個飛躍，再次感謝。 – user1320502

@ user1320502：設置'asp = FALSE'以避免默認的1：1寬高比。 –

當我設置'rescale = FALSE'時，爲什麼沒有輸出？ – pengchy

set.seed(111) 
    ig <- graph_from_data_frame(as.data.frame(matrix(sample(letters,40,rep=TRUE),nc=2))) 
    set.seed(123) 
    ig.layout <- layout.fruchterman.reingold(ig) 
    rownames(ig.layout) <- V(ig)$name 
    par(bg="white",mar=c(0,0,0,0),oma=c(0,0,0,0)) 
    plot.igraph(ig,layout=ig.layout,vertex.color=adjustcolor("gray",alpha.f=0.5),rescale=FALSE,xlim=c(4,11),ylim=c(4,11)) 
    set.seed(321) 
    ig.sub <- subgraph(ig,sample(V(ig)$name,5)) 
    plot.igraph(ig.sub,layout=ig.layout[V(ig.sub)$name,],add=TRUE,vertex.color=adjustcolor("orange",alpha.f=0.5),rescale=FALSE)

此代碼輸出圖形，其中橙色節點是稍後添加的。

來源

2016-12-15 01:51:46 pengchy

igraph固定節點座標佈局

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