Rmpi是否需要互聯網連接？

我剛剛在Mac OS-X Mountain Lion上使用本教程安裝了Rmpi：http://www.stats.uwo.ca/faculty/yu/Rmpi/mac_os_x.htm。我只需要使用Rmpi來使用所有內核，而不是在硬件集羣或類似設備上部署。Rmpi是否需要互聯網連接？

其實，一切正常，但現在我體驗到，只要我沒有一個活躍的互聯網連接（如坐在火車上或只是轉動無線）產卵奴隸將失敗，我想知道這是否應該工作喜歡這個？

> require(Rmpi) 
> mpi.spawn.Rslaves(nslaves=2) 

-------------------------------------------------------------------------- 
At least one pair of MPI processes are unable to reach each other for 
MPI communications. This means that no Open MPI device has indicated 
that it can be used to communicate between these processes. This is 
an error; Open MPI requires that all MPI processes be able to reach 
each other. This error can sometimes be the result of forgetting to 
specify the "self" BTL. 

    Process 1 ([[56132,1],0]) is on host: ABC-MB02 
    Process 2 ([[56132,2],0]) is on host: ABC-MB02 
    BTLs attempted: self sm 

Your MPI job is now going to abort; sorry. 
-------------------------------------------------------------------------- 
    2 slaves are spawned successfully. 0 failed. 
[ABC-MB02:53970] 2 more processes have sent help message help-mca-bml-r2.txt/unreachable proc 
[ABC-MB02:53970] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help/error messages

然後我的CPU的負載剛剛跳到100％，最終R會話會崩潰。

任何想法如何我可以避免這種行爲？這是我的sessionInfo

R version 2.15.2 (2012-10-26) 
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit) 

locale: 
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8 

attached base packages: 
[1] graphics grDevices datasets stats  utils  methods base  

other attached packages: 
[1] Rmpi_0.6-3  ggplot2_0.9.3 stringr_0.6.2 reshape2_1.2.2 plyr_1.8  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] colorspace_1.2-1 dichromat_2.0-0 digest_0.6.3  grid_2.15.2  gtable_0.1.2  labeling_0.1  
[7] MASS_7.3-23  munsell_0.4  proto_0.3-10  RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.3  tools_2.15.2

來源

2013-04-18 Beasterfield

對於單個機器來說，使用'parallel'包中'mclapply'和朋友系列函數通常要方便得多，這些使用共享內存和分叉，而不是產生獨立的進程。它也可能有助於爲你的問題添加一個'mpi'標籤，因爲它聽起來不像R特有的。 –

@MartinMorgan謝謝你的建議。問題是，我並不真正控制使用哪個並行庫，因爲這些功能是在我正在構建的其他軟件包（來自Bioconductor的'xcms'和'CAMERA'）中實現的。這些軟件包只是測試是否安裝了'Rmpi'（首選）或'snow'，並將計算部署到我指定的多個核心。但是，用'雪'我可以繞過這裏描述的問題，但面對其他問題。 – Beasterfield

這些軟件包來自同一組;也許發送電子郵件到'packageDescription（'CAMERA'）$ Maintainer'和xcms會導致一個長期的解決方案？ –

它並不需要互聯網連接，但開放MPI似乎失敗，當你創建子進程，如果你只有BTL的可用的「自我」和「SM」，並在我的Mac筆記本電腦除非「網絡偏好設置」中至少有一個「已連接」網絡，否則「tcp」BTL不可用。有趣的是，我注意到，當工作人員由mpirun創建時，我能夠成功地使用Rmpi，而不是產生它。另外，在Linux機器完全拔出時，我沒有任何問題在Linux機器上產生。

我能夠讓我的筆記本電腦通過使用以太網電纜將其連接到另一臺計算機成功生成進程，甚至是一個小樹莓派。儘管電纜實際上不能用於任何事情，但它欺騙了Mac認爲「以太網」已連接，因此「tcp」BTL在Open MPI中可用，所以產卵過程起作用。

更新：

我終於想出了一個解決這個問題，關於我的MacBook Pro工作。通過將btl_tcp_if_include MCA參數設置爲「lo0」，您可以強制Open MPI在筆記本沒有連接到任何外部網絡時使用TCP通信的環回接口。設置它的一種方法是在你的[R腳本中的環境變量：

Sys.setenv(OMPI_MCA_btl_tcp_if_include='lo0') 
library(Rmpi) 
mpi.spawn.Rslaves(nslaves=2)

這似乎加載Rmpi，這是當MPI_INIT調用之前，只要你設置環境變量工作。

來源

2013-04-20 14:40:05

感謝您複製問題並詳述它。但正如你所提到的，這並不能真正解決我的問題。所以我希望MPI可以有一些編譯選項來避免這種行爲。我也想知道是否可以連接一個「僞裝」設備，即讓操作系統認爲設備已連接，TCP BTL變得可用。 – Beasterfield

@Beasterfield：我想知道藍牙設備，因爲「藍牙PAN」是列出的網絡之一，但它不適用於我的手機。 –

顯然似乎沒有更好的解決方案。所以謝謝你。 – Beasterfield

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