與R檢索GWAS信息

Question

我在嘗試從GWAS catalog獲取特定疾病相關信息。這可以通過電子表格下載直接從網站完成。但我想知道如果我可以在R中以編程方式執行它，任何建議都將不勝感激。

謝謝。

Avoks

Answer 1

結帳功能download.file（）和封裝rcurl（http://cran.r-project.org/web/packages/RCurl/index.html） - 這應該做你正在尋找

Answer 2

你將不得不首先下載.tsv文件並手動編輯它們。 這是因爲GWAS目錄文件包含HTML符號，如「Behçet's disease」（定義特殊的第四個字母）中的&＃x000A7。該＃這些符號將被R解釋爲線的末端，因此，你會得到一個錯誤信息，如：

 
line 2028 did not have 34 elements 

所以，你首先downlad它，在純文本編輯器打開時，自動更換每＃空字符，才把它加載到R：

 
read.table("gwas_catalog_v1.0-associations_e91_r2018-02-21.tsv",sep="\t",h=T,stringsAsFactors = F,quote="")