genetics

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我想爲一組靜態針對多個不同的因變量和輸出殘差到一個新文件，看起來像自變量的運行多元迴歸模型... SampleID site_residual1 site_residual2 site_residual3 F001 0.003 0.988 0.776 F001 0.002 0.876 0.665 F002 0.134 0.234 0.786

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基於多個小區

我有想出在Excel中可用的條件格式公式以突出圖案麻煩的Excel條件格式。 Phase Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5 Sample6 Sample7 Sample8 {0-} lm ll lm lm ll lm ll lm {0-} lm ll lm lm ll lm ll lm {1-} lm ll ll lm lm ll lm ll

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調試 - 功率計算器功能和情節

後在安裝CATS包（2013年）和R的變化版本，並沒有什麼幾次失敗的嘗試，我決定從here 的源代碼工作，我創建了一個單R從包中所有的R功能的腳本，我跑他們，然後我就希望這個代碼將運行下面的代碼結束繪製權力的例子： super.cats<-function(RR,MAFmax=0.5,MAFmin=0.005,by=50,rep=1536,SNPs=1E6,ncases,ncontrols,nc

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遺傳算法實現中最大健身卡在局部最大值

以下代碼有問題。它是人口演變的實施。在我的情況下，最大適應度每次都會以當地最大值出現，並且無法達到最大可能值。請建議必要的編輯和相同的理由。 Individual.java package genetic.algorithm.project; import java.util.Random; public class Individual { public static int

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如何找到LD和MAF匹配到另一個感興趣的列表的SNP列表

我是遺傳學初學者。我有一個感興趣的SNP列表，我想找到與LD和MAF匹配的SNP的另一個列表。有沒有什麼軟件可以這樣做？這可以在PLINK中完成嗎？我真的不知道如何使用PLINK。

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在Python中實現遺傳算法：使用健身對列表進行排序

我需要根據健身對有機體列表進行排序。這可能是最簡單的事情，但我遇到了麻煩。這裏超級業餘。這是我的代碼： import random as randint pop_size = int(raw_input('Enter a population size:')) length = int(raw_input('Enter an orgnaism length:')) for i in r

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刪除某個值下的矩陣元素

我有一個矩陣的維度如下，矩陣包含一組遺傳變異之間的計算距離，我想創建一個新的矩陣或修改PosDiff矩陣只有距離小於或等於500,000。 dim(PosDiff) [1] 597 41099 我已經試過subset()，setdiff()並獲得靠不住的結果，如與1列矩陣和41099個意見感謝

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次要等位基因頻率匹配？

我有一個SNP列表，我已經從1000個基因組飛行員1中獲得了MAF和LD的代理SNP。我想知道大傢什麼時候提到MAF匹配，他們需要完全一樣嗎？例如，如果代理SNP具有MAF 0.37，則感興趣的SNP具有MAF 0.35，是否可以用作良好代理？給定LD的兩個> 0.8 是否絕對必須選擇MAF等於0.35的代理？

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差異論文兩個種基因型

的是什麼與Ñ（任意> 0號）之間使用一個基因型的差異染色體與1（一）的基因，並用1（一）染色體中的基因型與Ñ（相同數字）基因？在代碼： // 3 chromosomes with 1 gene each Genotype.of( DoubleChromosome.of(0,1), DoubleChromosome.of(0,1), DoubleChromosome.

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合併染色體Plink

我已經下載了1000G數據集的vcf格式。使用Plink 2.0我已經將它們轉換成二進制格式。現在我需要合併1-22條染色體。我使用這個腳本： ${BIN}plink2 \ --bfile /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_w