卡在python 3循環

我需要創建一個函數，返回給定的DNA序列中的互補序列。例如，如果你用'AT'作爲參數來調用這個函數，它應該返回'TA'。但是如果DNA序列可以有任何長度，我真的不知道如何創建它。如果互補核苷酸是A = T G = C，我如何開發一個返回互補序列的函數。首先，我有想法創建一個循環，以創建它，但我卡住了。卡在python 3循環

這是我最初的代碼：

def get_complementary_sequence(sequence): 
    """ (str) --> str 
    Return the DNA sequence that is complementary to the given DNA sequence 
    >>> get_complementary_sequence('AT') 
    'TA' 
    >>> get_complementary_sequence('GC') 
    'CG' 
    """ 

    for char in sequence: 
     if char in 'ATCG': 
      sequence = sequence + 1

來源

2017-01-18 Fence

不要修改你迭代 – Daenyth

你爲什麼要加1序列的價值呢？ – Seraf

怎麼樣？這是一個非常骯髒的解決方案，但不會把戲

def get_complementary_sequence(sequence): 
    mp = {"A":"T", 
      "T":"A", 
      "C":"G", 
      "G":"C"} 

    return ''.join(mp[c] for c in sequence)

另外請注意，這僅適用如果序列只包含A，T，C或G

來源

2017-01-18 18:44:08

爲什麼你認爲這是一個「非常髒」的解決方案？對我來說看起來很合理。（爲了提高內存效率，請刪除方括號，以便使用生成器表達式而不是列表理解：'''.join（mp [c] for c in sequence）'） –

將'mp'從函數中提取出來這是一個常量，每次調用該函數時都會創建相同的「dict」。 – oblalex

感謝advie，@ das-g。我經常忘記那些細節...... –

在這裏，我們走了。您可以在人性化的方式配置PAIRS：

from itertools import permutations, chain 

PAIRS = [ 
    ('A', 'T'), 
    ('G', 'C'), 
] 
COMPLEMENTATIONS = { 
    k: v 
    for k, v in 
    chain(*chain(list(itertools.permutations(p)) for p in PAIRS)) 
} 

def get_complementary_sequence(sequence): 
    return ''.join(map(COMPLEMENTATIONS.get, sequence))

用法：

get_complementary_sequence('ATGCCGTAATTTCGCA') 
'TACGGCATTAAAGCGT'

來源

2017-01-18 21:09:41 oblalex

這看起來比我的更容易 –

卡在python 3循環

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