使用geom_vline到情節蜱X軸和顏色漸變它

的樣本數據使用geom_vline到情節蜱X軸和顏色漸變它

SNP_BP LD 
13203 1.00 
13456 0.74 
13646 0.43 
...  ....

而且使用ggplot使蜱。

到目前爲止，我已經使用下面的命令嘗試：

p <- ggplot()+ 
geom_vline(data=d, mapping=aes(xintercept=SNP_BP))+ 
scale_x_continuous(limits=c(12345,14533)

現在，當我嘗試，它說：

錯誤的存在（姓名，ENVIR = ENV，模式=模式）：參數「ENV」缺失，沒有默認設置

另外，我需要添加到該地塊的顏色漸變爲那些蜱（基於它的LD（列）值）。

來源

2015-05-22 I Phoenix

'scale_x_continuous（限= C（12345,14533））' – Soheil

我認爲，問題在於ggplot沒有關於y軸的信息。因此，您應該添加點或線（例如，'+ geom_point（aes（x = SNP_BP，y = LD））'），ggplot可以從中獲取y軸範圍或明確指定y軸範圍。通過'+ scale_y_continuous（limits = c（0,1））'。你最後一次關於顏色漸變的說法是什麼意思？你想基於'LD'對行進行着色嗎？ – Stibu

感謝您的建議..我會盡力現在..和有關顏色線是的，喜歡它根據其LD值分級的顏色.. –

我認爲問題在於ggplot沒有關於y軸的信息，因此不能創建該圖。這可以通過對Y軸明確說明限制來解決與scale_y_continuous：只要你加點或線（或別的東西）的情節

library(RColorBrewer) 
ggplot(d) + 
    geom_vline(aes(xintercept=SNP_BP,colour=LD)) + 
    scale_x_continuous(limits=c(12345,14533)) + 
    scale_y_continuous(limits=c(0,1)) + 
    scale_colour_gradientn(colours=brewer.pal(7,"YlOrRd"))

，ggplot將確定從y軸範圍範圍涵蓋這些點，並將不再需要scale_y_continuous。

我還通過設置美學colour=LD爲線添加了顏色。添加scale_colour_gradientn(...)是可選的，我只是把它展示給你一個可能性，你如何改變顏色。我使用包裝RColourBrewer（與brewer.pal()）的顏色，我發現它非常有用。

使用您在您的文章給三個數據點，代碼導致了以下情節：

enter image description here

來源

2015-05-23 12:26:57 Stibu

使用geom_vline到情節蜱X軸和顏色漸變它

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