將幾個hdf5文件合併到一個pytable中

Question

我有幾個hdf5文件，每個文件具有相同的結構。我想通過某種方式合併hdf5文件來創建一個pytable。

我的意思是，如果file1中的數組的大小爲x，而file2中的數組的大小爲y，那麼pytable中的結果數組的大小將爲x + y，包含file1中的所有條目，然後全部來自file2的條目。

Answer 1

你想如何做到這一點取決於你有的數據類型。數組和陣列具有靜態大小，因此您需要預先分配數據空間。因此，您可以執行以下操作：

import tables as tb 
file1 = tb.open_file('/path/to/file1', 'r') 
file2 = tb.open_file('/path/to/file2', 'r') 
file3 = tb.open_file('/path/to/file3', 'r') 
x = file1.root.x 
y = file2.root.y 

z = file3.create_array('/', 'z', atom=x.atom, shape=(x.nrows + y.nrows,)) 
z[:x.nrows] = x[:] 
z[x.nrows:] = y[:] 

但是，EArys和Tables是可擴展的。因此，您不需要預先分配大小，而是可以copy_node（）和append（）來代替。

import tables as tb 
file1 = tb.open_file('/path/to/file1', 'r') 
file2 = tb.open_file('/path/to/file2', 'r') 
file3 = tb.open_file('/path/to/file3', 'r') 
x = file1.root.x 
y = file2.root.y 

z = file1.copy_node('/', name='x', newparent=file3.root, newname='z') 
z.append(y)