ImageJ

Question

中的應用程序和代碼的不同結果我試圖使用ImageJ運行圖片分析並嘗試計算孔隙度時出現了我的問題。

我記錄了這些宏，並在java中運行相同的過程。這兩次處決的結果是不同的，我不知道爲什麼。你能幫忙嗎？

我試圖用ImageJ API再次編寫代碼。兩個樣品我運行顯示如下：

ImagePlus imp = new ImagePlus(); 
    imp = IJ.openImage("path_to_image"); 
    int measurements = Measurements.AREA + Measurements.MEAN +Measurements.STD_DEV + Measurements.AREA_FRACTION; 
    ResultsTable rt = new ResultsTable(); 
    Analyzer analyzer = new Analyzer(imp, measurements, rt); 
    IJ.setAutoThreshold(imp, "Default"); 
    System.out.println(rt.MIN); 

並與記錄的代碼

imp = IJ.openImage("path_to_image"); 
    IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3"); 
    IJ.setAutoThreshold(imp, "Default"); 
    IJ.run(imp, "Measure", ""); 

Answer 1

你的代碼中有幾個問題：

• 從Analyzer爲了得到測量，你需要運行其measure()方法
• 您正在打印rt.MIN這是一個常量，用於定義與測量相對應的默認標題，請參見source code。相反，您應該使用ResultsTable#getValueAsDouble(int column, int row)或getValue(String column, int row)來獲得您感興趣的價值。
• 顯然你想測量的最小值。您應該將Measurements.MIN_MAX包含到您的measurements變量中。

您錄製的代碼似乎是JavaScript中，沒有ImageJ的宏代碼，所以這裏有你的腳本的某些版本中，所有參加斑點樣本圖像（文件>打開樣品>斑點（25K） ），設置默認閾值並測量相同的參數。

ImageJ1宏：

run("Blobs (25K)"); 
setAutoThreshold("Default"); 
run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3"); 
run("Measure"); 

的Javascript：

importClass(Packages.ij.IJ); 

imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif"); 
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default"); 
IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3"); 
IJ.run(imp, "Measure", ""); 
imp.show(); 

的BeanShell（最接近的Java代碼）：

import ij.IJ; 

imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif"); 
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default"); 
IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3"); 
IJ.run(imp, "Measure", ""); 
imp.show(); 

如果你想避免IJ和使用電話較低級別的ImageJ API，這是它在Beanshell中的外觀：

import ij.ImagePlus; 
import ij.IJ; 
import ij.measure.Measurements; 
import ij.measure.ResultsTable; 
import ij.plugin.filter.Analyzer; 

ImagePlus imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/blobs.gif"); 
// IJ.setAutoThreshold(imp, "Default"); 
imp.getProcessor().setAutoThreshold("Default"); 

// IJ.run("Set Measurements...", "area mean standard modal min median area_fraction limit redirect=None decimal=3"); 
int measurements = Measurements.AREA + Measurements.MEAN + Measurements.MIN_MAX + Measurements.STD_DEV + Measurements.MODE + Measurements.MEDIAN + Measurements.AREA_FRACTION + Measurements.LIMIT; 

// IJ.run(imp, "Measure", ""); 
ResultsTable rt = new ResultsTable(); 
Analyzer analyzer = new Analyzer(imp, measurements, rt); 
analyzer.measure(); 

Double result = rt.getValue("Min", rt.getCounter() - 1); // get value of interest 
IJ.log(result.toString()); // print to log window 
// Alternatively, show the full results table 
// rt.show("New Results");