在python中傳遞數組odeint

我對Python很新，所以請問如果下面的問題有一個'duh'的答案。在python中傳遞數組odeint

所以，我試圖解決ODE使用odeint並希望傳遞數組。但是，該類型錯誤：無法按類型「浮動」的非INT繁衍序列一直此起彼伏，在該行：

CA0 = (-kd-kn*Cv)*CAi/(1+(CAi/ks))

所以，代碼：

from scipy.integrate import odeint 
import numpy as np 

Ap_data = [2, 7, 91, 1.6, 0.4, 5] 
tdata= [0, 1, 4, 5, 4, 20] 
Cv_data = [43, 580, 250, 34, 30, 3] 

#Define parameters 
kn = 1E-5 #change 
ks = 1E+5 #change 
kd = 0.058 

def deriv (CAi,t, Cv): 
    CA0 = (-kd-kn*Cv)*CAi/(1+(CAi/ks)) 
    return CA0 

#Initial conditions 
CA_init = 21.6 

#Solve the ODE 
(CAb_soln) = odeint (derivCAb, CA_init, tdata, (Cv_data,)) 

print CAb_soln

一些幫助，請？

來源

2015-02-06 MacGuffin

在您的示例中，並未實際調用「deriv」。你能否改變你的示例代碼？ – Carsten 2015-02-06 23:01:33

立即解決問題是你deriv功能正試圖通過float值乘以普通的Python list，Cv_data（傳過來Cv）。如果要向量化此操作，請使用NumPy數組：

Ap_data = np.array([2, 7, 91, 1.6, 0.4, 5]) 
tdata= np.array([0, 1, 4, 5, 4, 20]) 
Cv_data = np.array([43, 580, 250, 34, 30, 3])

解決此問題。現在您擁有了odeint失敗了，你給它輸入問題...

intdy-- t (=r1) illegal  
     in above message, r1 = 0.4000000000000D+01 
     t not in interval tcur - hu (= r1) to tcur (=r2)  
     in above, r1 = 0.4287484688360D+01 r2 = 0.5551311182627D+01 
lsoda-- trouble from intdy. itask = i1, tout = r1ls 
     in above message, i1 =   1 
     in above message, r1 = 0.4000000000000D+01 
Illegal input detected (internal error). 
Run with full_output = 1 to get quantitative information. 
[[ 21.6  ] 
[ 20.37432613] 
[ 17.09897165] 
[ 16.12866355] 
[ 16.12866355] 
[ -0.90614016]]

，或許你能給什麼你的方程，以及它如何與Cv_data更多的信息。尤其是，您的衍生產品不取決於t，但此參數的值範圍爲Cv。

更新：它因爲你有趣的時間系列而失敗。 odeint正常工作，如果它是單調的，例如：

from scipy.integrate import odeint 
import numpy as np 

Ap_data = [2, 7, 91, 1.6, 0.4, 5] 
tdata= np.array([0, 1, 4, 5, 10, 20]) 
Cv_data = np.array([43, 580, 250, 34, 30, 3]) 

#Define parameters 
kn = 1E-5 #change 
ks = 1E+5 #change 
kd = 0.058 

def deriv (CAi,t, Cv): 
    CA0 = (-kd-kn*Cv)*CAi/(1+(CAi/ks)) 
    return CA0 

#Initial conditions 
CA_init = 21.6 

#Solve the ODE 
(CAb_soln) = odeint (deriv, CA_init, tdata, (Cv_data,)) 
print CAb_soln

結果：

[[ 21.6  ] 
[ 20.37432613] 
[ 17.09897165] 
[ 16.12866355] 
[ 12.04306424] 
[ 6.71431758]]

來源

2015-02-06 23:56:10 xnx

你好。本質上，每個給定時間點都有一個Cv值和一個Ap值，我希望odeint在每個時間點使用初始Ap值和相應的Cv和t值來求解Ap。另外，謝謝你試圖幫助。我很感激。我試着考慮你的建議，並得到一個錯誤（我將發佈的圖片作爲答案）。 – MacGuffin 2015-02-08 23:45:31

我有點困惑：你似乎沒有在你的代碼中的任何地方使用'Ap_data'？它與你試圖解決的問題有什麼關係？在每種情況下，對於Cv和Ap的每個值，是否要使用相同的時間點解決同樣的方程6次？ – xnx 2015-02-09 02:44:13

你好。 Ap_data用於比較計算出的CA值和實驗值（在Ap_data中給出）。我將用它來計算方差，然後得到更好的參數估計值（它說代碼中的變化）。是的，我希望爲CA解決6次問題，就像一個正常的ODE解算器一樣，在tdata中提及的時間點（以及Cv_data中的每個時間點的Cv）。 – MacGuffin 2015-02-11 15:35:40

嗯，事實證明，我不能張貼圖片，但（被新來的StackOverflow）。因此，我使用的代碼是 -

from scipy.integrate import odeint 
import numpy as np 

Ap_data = np.array([2, 7, 91, 1.6, 0.4, 5]) 
tdata= [0, 1, 4, 5, 4, 20] 
Cv_data = np.array([43, 580, 250, 34, 30, 3]) 

#Define parameters 
kn = 1E-5 #change 
ks = 1E+5 #change 
kd = 0.058 

def deriv (CAi,t, Cv): 
    CA0 = (-kd-kn*Cv)*CAi/(1+(CAi/ks)) 
    return CA0 

#Initial conditions 
CA_init = 21.6 

#Solve the ODE 
(CAb_soln) = odeint (deriv, CA_init, tdata, (Cv_data,), full_output=True) 

print CAb_soln

來源

2015-02-08 23:50:40 MacGuffin

在python中傳遞數組odeint

回答

相關問題