itk的vtk的mangle圖像

我正在閱讀SimpleITK的圖像，但我在vtk中獲得這些結果有幫助嗎？我不確定這裏發生了什麼事情。itk的vtk的mangle圖像

請參閱圖像here。

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CODE 
def sitk2vtk(img): 

    size  = list(img.GetSize()) 
    origin = list(img.GetOrigin()) 
    spacing = list(img.GetSpacing()) 
    sitktype = img.GetPixelID() 
    vtktype = pixelmap[sitktype] 
    ncomp = img.GetNumberOfComponentsPerPixel() 

    # there doesn't seem to be a way to specify the image orientation in VTK 

    # convert the SimpleITK image to a numpy array 
    i2 = sitk.GetArrayFromImage(img) 
    #import pylab 
    #i2 = reshape(i2, size) 

    i2_string = i2.tostring() 

    # send the numpy array to VTK with a vtkImageImport object 
    dataImporter = vtk.vtkImageImport() 

    dataImporter.CopyImportVoidPointer(i2_string, len(i2_string)) 

    dataImporter.SetDataScalarType(vtktype) 

    dataImporter.SetNumberOfScalarComponents(ncomp) 

    # VTK expects 3-dimensional parameters 
    if len(size) == 2: 
     size.append(1) 

    if len(origin) == 2: 
     origin.append(0.0) 

    if len(spacing) == 2: 
     spacing.append(spacing[0]) 

    # Set the new VTK image's parameters 
    # 
    dataImporter.SetDataExtent (0, size[0]-1, 0, size[1]-1, 0, size[2]-1) 
    dataImporter.SetWholeExtent(0, size[0]-1, 0, size[1]-1, 0, size[2]-1) 

    dataImporter.SetDataOrigin(origin) 
    dataImporter.SetDataSpacing(spacing) 

    dataImporter.Update() 

    vtk_image = dataImporter.GetOutput() 
    return vtk_image 
### 
END CODE

來源

2015-06-12 user1301295

你忽略兩兩件事：

有一個順序的變化，當您執行GetArrayFromImage：

指數和尺寸的訂單轉化過程中需要特別注意。來自SimpleITK的筆記本報價爲http://insightsoftwareconsortium.github.io/SimpleITK-Notebooks/01_Image_Basics.html：

ITK的Image類沒有括號運算符。它有一個將ITK索引對象作爲參數的GetPixel，它是一個以（x，y，z）排序的數組。這是SimpleITK的Image類也用於GetPixel方法的約定。在numpy中，數組以相反的順序（z，y，x）進行索引。

ITK和VTK圖像表示之間的座標有變化。從歷史上看，在計算機圖形學中，傾向於將Y軸正向指向下方。這會導致ITK和VTK圖像之間的座標變化。

來源

2015-06-15 18:08:14 siavashk

嗨siavashk，謝謝你的回答。正如我在vtk-users列表中所指出的......我發現了罪魁禍首！我正在將ImageSeriesReader以外計算的文件名列表傳遞給ImageSeriesReader。我曾以爲它會爲我排序文件名，但它不會。現在，我使用dcm_series_filenames = reader.GetGDCMSeriesFileNames（dcm_dir，seriesUID），然後是reader.SetFileNames（dcm_series_filenames），因爲我已經獲得了seriesUID和文件列表 – user1301295

itk的vtk的mangle圖像

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