創建從成對比較列表

人是不夠好，給我從我的第一個問題解決一個矩陣（使用功能上成對「所有VS一切」矩陣集合的組合）：創建從成對比較列表

library(vegan) 
#by Akrun 

A <- matrix(sample.int(100, size = 50*50, replace = TRUE), nrow = 50, ncol = 50) 
B <- matrix(sample.int(100, size = 50*50, replace = TRUE), nrow = 50, ncol = 50) 
C <- matrix(sample.int(100, size = 50*50, replace = TRUE), nrow = 50, ncol = 50) 

Obj1 <- vegdist(decostand(A,"standardize",MARGIN=2), method="euclidean") 
Obj2 <- vegdist(decostand(B,"standardize",MARGIN=2), method="euclidean") 
Obj3 <- vegdist(decostand(C,"standardize",MARGIN=2), method="euclidean") 


names1 <- ls(pattern="Obj") 
Cmb1 <- combn(names1, 2) 
lapply(split(Cmb1, col(Cmb1)), function(x) unlist(mantel(get(x[1]), get(x[2]))[3:4]))

這導致的結果列表，例如：

$`1` 
statistic  signif 
0.03006202 0.4070000

有兩個問題：

我可以將比較對象的兩個名稱寫入「$」行嗎？與

名稱可以得到

分裂（Cmb1，餵食col（Cmb1）。

更好的是，是有可能以某種創建矩陣具有n行和列的n個對象並填寫統計值？

感謝您抽出寶貴的時間。

來源

2014-09-22 nouse

你試過'sapply'在'lapply'的地方？我們不能重現這一點。你可以做一個最小可重現的例子嗎？ – 2014-09-22 15:47:26

我調整了代碼。它只是通過壁爐架統計數據來比較彼此之間的矩陣。 – nouse 2014-09-22 16:02:37

關於你的第一個問題，如果你把這三個對象放到一個列表中，那麼你可以用'$'操作符引用它們。 – 2014-09-22 17:07:09

這是你想要的嗎？

（使用tmp從

tmp <- sapply(split(Cmb1, col(Cmb1)), 
       function(x) unlist(mantel(get(x[1]), get(x[2]))[3:4]))

，並指出，我做了這個一個sapply()調用所以它更容易提取statistic數據更容易。）

## zero matrix to fill in - change 0 to be what you want on diagonal 
mstat <- matrix(0, ncol = 3, nrow = 3) 
## directly fill lower triangle of matrix 
mstat[lower.tri(mstat)] <- tmp[1, , drop = TRUE] 
## need to transpose 
tmstat <- t(mstat) 
## then fill in lower triangle again, to get correct order 
tmstat[lower.tri(tmstat)] <- tmp[1, , drop = TRUE] 
## transpose back 
mstat <- t(tmstat) 
## add on identifiers 
colnames(mstat) <- rownames(mstat) <- names1 

> mstat 
      Obj1  Obj2  Obj3 
Obj1 0.00000000 -0.04570113 0.03407708 
Obj2 -0.04570113 0.00000000 0.04781475 
Obj3 0.03407708 0.04781475 0.00000000

來源

2014-09-22 17:28:14

我知道我們不應該這樣做，但是你爲我節省了很多工作。驚人！ – nouse 2014-09-23 09:09:20

創建從成對比較列表

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