2017-02-15 58 views
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我是新來的編碼和R.目前與包relsurv一起工作。爲此,我想計算某些時間點的相對生存率。R的添加時間relsurv

我使用下面的五年評估RS:

rcurve2 <- rs.surv(Surv(time_days17/365.241,event_17)~1+ 
    ratetable(age = age_diagnosis*365.241, sex = sex, 
    year = year_diagnosis_days), data = survdata, ratetable = swepop, 
    method="ederer1",conf.int=0.95,type="kaplan-meier", 
    add.times = 5*365.241) 

summary(rcurve2) 

但是,我得到了我的總結輸出相同的結果,無論我add.times即在放什麼號碼的所有事件/ cenasoring點(見下)

time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 
0.205 177  1 0.9944 0.00562  0.9834  1.005 
0.627 176  1 0.9888 0.00792  0.9734  1.004 
0.742 175  1 0.9831 0.00968  0.9644  1.002 
0.827 174  1 0.9775 0.01114  0.9559  1.000 
0.849 173  1 0.9718 0.01242  0.9478  0.996 
0.947 172  1 0.9662 0.01356  0.9400  0.993 
...cont. 

我很明顯沒有得到它的權利!將感謝您的幫助!

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這將有助於有一個完全可重複的例子。請編輯包含一個! – BenBarnes

回答

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一個很好的問題!

當使用add.times加入「假想」倍,它們會自動審查,並且不會出現與摘要()函數。要查看您的加算時間設置審查= TRUE

summary(rcurve2, censored = TRUE) 

您現在應該在下面的列表中找到你的上架時間。

使用內置在數據與relsurv包

data(slopop) 
data(rdata) 

#note the last argument add.times=1000 
rcurve2 <- rs.surv(Surv(time,cens)~sex+ratetable(age=age*365.241, sex=sex, 
     year=year), ratetable=slopop, data=rdata, add.times = 1000) 

當使用摘要(rcurve2)的時間1000不會顯示出來:

>summary(rcurve2) 
[...] 
    973 200  1 0.792 0.03081  0.734  0.855 
    994 199  1 0.790 0.03103  0.732  0.854 
1002 198  1 0.783 0.03183  0.723  0.848 
[...] 

但使用摘要( rcurve2,censored = TRUE)它會!

>summary(rcurve2, censored=TRUE) 
[...] 
    973 200  1 0.792 0.03081  0.734  0.855 
    994 199  1 0.790 0.03103  0.732  0.854 
1000 198  0 0.791 0.03106  0.732  0.854 
1002 198  1 0.783 0.03183  0.723  0.848 
[...] 
+0

不錯。但我注意到,如果'method ='ederer2''仍然不起作用。 – wjchulme