打印MultipleSeqAlignment對象

Question

我具有由clustalx

AAAACGT Alpha 
AAA-CGT Beta 
AAAAGGT Gamma 

生成3個序列的比對我可以通過align[:,:4]

切片與Biopython預定索引對準然而，打印結果給出：

AAAA Alpha 
AAA- Beta 
AAAA Gamma 

如何在不打印下面給出的名稱的情況下捕獲子對齊？

AAAA 
AAA- 
AAAA 

align[:,:4].seq不提供我正在尋找的輸出。

Answer 1

我需要先問一個後續問題 - align[:,:4]的確切類型是什麼？

無論哪種方式，它似乎是某種數組，所以你不能簡單地做.seq。你可以做，如果該seq確實是個別項目的屬性，是使用map函數提取它們：

map(lambda el: el.seq, align[:, :4]) 

Answer 2

你或許可以這樣做：

for x in align[:, :4]: 
    print x.seq 

或者在打印語句的位置做任何你想做的事情。