ggplot2：圖例並不顯示所有類別，即使drop = FALSE

Question

我有一個p值矩陣（pvalmat），我想繪製一個瓦片圖來描繪不同範圍的p值。以前在stackoverflow，人們已經注意到drop=FALSE參數足以保留瓦片圖中的所有類別。但它不適合我。

我使用的代碼如下：

library(reshape) 
library(ggplot2) 

t1 <- " 
         PC1  PC2  PC3  PC4  PC5 
Sample_Group  0.8736898 0.97622168 0.2561840 0.42037376 0.1014430 
Patient_ID   0.5715401 0.11196997 0.7373194 0.29259420 0.4492927 
Batch    0.2372638 0.31829279 0.6886578 0.13898381 0.8962650 
Gender    0.2849828 0.19308078 0.7906396 0.70711634 0.1862483 
Race    0.9625020 0.86909694 0.9539444 0.45216929 0.4484681 
Vital_Status  0.6132153 0.59893269 0.1587745 0.77892172 0.7018237 
Family_History  0.5434387 0.19100356 1.0000000 0.20342504 0.8735441 
Tissue_Source_Site 0.5448434 0.06034538 0.2239321 0.03223223 0.9604476 
Initial_Weight  0.3545216 0.42727010 0.3310045 0.72190824 0.5736651 
Age    0.5180032 0.28494126 0.4975151 0.37259105 0.4632363 
" 

con <- textConnection(t1) 
pvalmat <- read.table(con, row.names = NULL) 

pvalmat.m <- melt(pvalmat) 
colnames(pvalmat.m) <- c("Clinical_Variables", "Principal_Component", "pval") 
pvalmat.m$colorcut <- cut(pvalmat.m$pval,breaks = c(-Inf,0.001, 0.01, 0.05, 0.1, Inf), right = FALSE) 

p <- ggplot(pvalmat.m, aes(Principal_Component, Clinical_Variables)) + geom_tile(aes(fill = colorcut), colour = "white") + 
    scale_fill_manual(breaks=c("[-Inf, 0.001)", "[0.001, 0.01)", "[0.01, 0.05)", 
          "[0.05, 0.1)", "[0.1, Inf)"), 
        values = c("darkred", "red", "orange", "yellow", "gray"), 
        name="P-value", labels=c("< 0.001", "< 0.01", "< 0.05", "< 0.1", "> 0.1"), 
        drop=FALSE) + 
    labs(x="Principal Components", y="Clinical Variables") 

但我只收到一個類別中的傳說：

雖然正確顯示的顏色，它爲什麼不顯示所有類別的傳說？

謝謝！

Answer 1

您已將pval分解爲離散類別，因此您不需要在scale_fill_manual中再次執行此操作。

ggplot(pvalmat.m, aes(Principal_Component, Clinical_Variables)) + 
    geom_tile(aes(fill = colorcut), colour = "white") + 
    scale_fill_manual(values = c("darkred", "red", "orange", "yellow", "gray"), 
        drop = FALSE, 
        name="P-value", 
        labels=c("< 0.001", "< 0.01", "< 0.05", "< 0.1", "> 0.1"))