使用sed替換包含特殊字符的字符串

Question

我試圖編輯一些fastq文件。

基本上我想改變：

@SRX1409044.10.1 10 length=80 

到：

@SRX1409044.10/1 10 length=80 

爲包含.1文件中的每一行。

我已經嘗試使用sed的：

sed 's#.1#/1#g' 

它適用於大部分線路，但是，對於線路如：

@SRX1409044.11.1 11 length=80 

我得到：

@SRX1409044./1/1 /1 length=80 

我已經有一個搜索周圍，我想我可能不得不逃脫特殊字符？我遇到的每篇文章都只給出了自己交換特殊字符的例子，所以我不太確定如何去做。

Answer 1

該命令改變的.1的第一次出現在每行（點後跟一個1和空間），以/1 –通知逃出.：

sed 's|\.1 |/1 |' infile 

有關示例輸入文件如

@SRX1409044.10.1 10 length=80 
@SRX1409044.12.1 10 length=80 
@SRX1409044.14.1 10 length=80 
@SRX1409044.15.1 10 length=80 
@SRX1409044.990.1 10 length=80 

結果是

@SRX1409044.10/1 10 length=80 
@SRX1409044.12/1 10 length=80 
@SRX1409044.14/1 10 length=80 
@SRX1409044.15/1 10 length=80 
@SRX1409044.990/1 10 length=80 

現在，如果.1也可能是在一行的末尾，我們必須稍微改變命令，因爲我們需要在此刻空間：

sed 's#\.1\(\|$\)#/1\1#' infile 

這是「.1後跟一個空間或該行的末尾，替換爲/1以及.1之後的任何內容「。例如：

$ sed 's#\.1\(\|$\)#/1\1#' <<< 'SRX1409044.116884523.1' 
SRX1409044.116884523/1 

Answer 2

小數點.爲\.

我覺得你的問題是你需要區分個位數和兩位數轉義。

如果你沒有超過2個位數的最簡單的是重複兩次正則表達式，如：

[0-9][0-9] 

匹配任意2位數字或數字序列。

• ，因爲我不知道其中版本的sed您使用的，以及它增強的能力是。

另外我不確定你想接受什麼，以及你想要拒絕什麼。