Trimmomatic bug -baseout（和其他可選參數）

Question

嘗試使用-baseout參數時，我一直在使用運行在HPC上的Trimmomatic v.0.33的一些奇怪行爲。

我的代碼如下所示：

java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq \ 
-baseout mybaseoutname ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36 

Trimmomatic將運行，但輸出的文件名會，奇怪的是，從我的劇本的其他部分衍生（例如，.fq，ILUMINACLIP，導致：3）。除了明確聲明輸出文件名之外，如何解決這個問題的任何想法？

Answer 1

該錯誤的解決方案是指定任何選項參數（即帶有負號的那些參數）之前所需的參數，如輸入文件和修剪步驟。

重新安排這樣的參數，它應該運行良好：

java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE -baseout mybaseoutname 
input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36 

託尼·博爾格（Trimmomatic的創建者）解釋在seqanswers這個bug：http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=46572&highlight=trimmomatic+baseout