比較兩個文件後提取特定列的所有行

Question

我有兩個包含數千行的文本文件。文件A具有隻有一列（ID）

#ID 
rs111 
rs222 
rs333 
rs444 

文件B看起來像這樣：

#CHROM POS ID REF ALT QUAL ...... 

22 111 rs111 T C . .... 

22 222 rs222 A G .... 

22 333 rs666 G T ... 

22 444 rs777 A A .. 

這是我想的輸出：

#CHROM POS ID REF ALT QUAL ...... 

22 111 rs111 T C . .... 

22 222 rs222 A G .... 

即我想只有那些以提取來自文件B的行的ID與文件A中給出的ID相匹配。我該如何實現？感謝

Answer 1

您可以使用此AWK：

awk 'FNR==NR{a[$1];next} ($3 in a)' fileA fileB 
22 111 rs111 T C . .... 
22 222 rs222 A G .... 

Answer 2

雖然awk解決方案張貼anubhava更優雅，你也許可以僥倖逃脫：

$ grep -f filea fileb 
22 111 rs111 T C . .... 
22 222 rs222 A G .... 

Answer 3

請參閱 「查詢一個dbSNP的VCF文件」 中biostars：http://www.biostars.org/p/88799/或http://www.biostars.org/p/12707/