R幫助爲MiRKAT創建樹

Question

我正在嘗試創建一個與R包MiRKAT一起使用的樹，但由於文檔很難理解，所以我希望這裏有人能夠幫助我。

我的數據是結構：

  Acaryochloris Achromobacter Acidiphilium Acidisphaera 
Sample1    23    1   0   4     
Sample2    0    0   2   0     
Sample3    4    0   4   0     
Sample4    0   30   0   5     
Sample5    11    0   5   0     
Sample6    0    0   0   0 

與封裝採用結構中的小插曲樹：http://research.fhcrc.org/content/dam/stripe/wu/files/MiRKAT/MiRKAT_Vignette.pdf

：

List of 4 
$ edge  : int [1:1710, 1:2] 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 ... 
$ Nnode  : int 855 
$ tip.label : chr [1:856] "1883" "3114" "1483" "2576" ... 
$ edge.length: num [1:1710] 0.00846 0.09451 0.01012 0.01208 0.03501 ... 
- attr(*, "class")= chr "phylo"  

暗角上可以找到有沒有辦法將我的數據轉換成這樣的樹結構？如果是的話，你可以推薦任何包？

Answer 1

對不起，我發現自己。

mydata_dist <- dist(mydata) 
mydata_hc <- hclust(mydata_dist) 
mydata_phyl <- as.phylo(mydata_hc)