文件（文件，「rt」）中的錯誤：complete.cases程序中的無效'description'參數

我正在寫一個R函數，它讀取一個完整的文件目錄，並報告每個數據文件中完全觀察到的個案數。該函數返回一個數據框，其中第一列是文件的名稱，第二列是完整案例的數目。文件（文件，「rt」）中的錯誤：complete.cases程序中的無效'description'參數

如，

id nobs 
1 108 
2 345 
... 
etc

這裏是我寫的函數：

complete <- function(directory, id = 1:332) { 

    for(i in 1:332) { 
    path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="") 
    mydata<-read.csv(path) 
    #nobs<-nrow(na.omit(mydata)) 
    nobs<-sum(complete.cases(mydata)) 
    i<-i+1 
    } 

    completedata<-c(id,nobs) 
}

我執行的功能：

complete("specdata",id=1:332)

，但我得到這個錯誤：

Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument

我也試過traceback()功能調試我的代碼，它給出了這樣的輸出：

traceback() 
# 4: file(file, "rt") at #6 
# 3: read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, 
# dec = dec, fill = fill, comment.char = comment.char, ...) at #6 
# 2: read.csv(path) at #6 
# 1: complete("specdata", id = 1:332)

來源

2013-01-20 Pranav Pandya

很難說沒有一個完全可重複的例子，但我懷疑你的問題是這一行：

path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="")

id這裏是一個向量，所以路徑變成了字符串的向量，當你打電話給read.csv時，你將所有的路徑同時傳遞給它，而不是一個。嘗試將上面的行更改爲

path<-paste(directory,"/",id[i],".csv",sep="")

並查看是否有效。

來源

2013-01-20 01:57:17

感謝喬納森的快速和及時的答覆。它解決了錯誤。 –

看來你的文件路徑有問題。您正在將完整矢量id = c（1：332）傳遞給文件路徑名稱。如果你的文件被命名爲1.csv，2.csv，3.csv等。
你可以改變這一行：

path<-paste(directory,"/",id,".csv",sep="")

到

path<-paste(directory,"/",i,".csv",sep="")

，並留下了或返工你的函數的id輸入。

來源

2013-01-20 02:12:05 N8TRO

感謝Nathan幫助我解決問題，並讓我明白我犯的錯誤。 –

除了使用for來讀取數據，您可以嘗試sapply。例如

mydata <- sapply(path, read.csv) .

由於path是矢量，sapply將迭代矢量，並應用read.csv到它。因此，將不需要0循環，並且您的代碼將更加乾淨。

從那裏你將有一個matrix其中你的每個文件和他們各自的信息，你可以從中提取觀察。

要找到觀察結果，你可以做mydata[2,1][[1]]。請記住，行將是你的因素，你的列將成爲你的文件。

來源

2014-12-06 22:56:17

我正在研究確切的問題..目錄「specdata」中的文件名以001.csv和002.csv .... 099.csv作爲文件名332.csv 命名，但是當您調用id = 1時，文件名將變爲1。目錄中不存在的csv。嘗試使用此函數來獲取每個id文件的路徑。

filepaths <- function (id){ 
    allfiles = list.files(getwd()) 
    file.path(getwd(), allfiles[id]) 
}

來源

2016-04-03 18:17:25

我有這個問題，因爲我是想針對該數據幀循環運行，而不是一個向量：

ids <- th[th$nobs > threshold,] 
    for(i in ids) {

這是變量「IDS」的模樣：

 id nobs 
2  2 1041 
154 154 1095 
248 248 1005

應該是：

ids <- th[th$nobs > threshold,] 
    for(i in ids$id) {

來源

2016-07-04 02:57:46 ossys

我在這句話遇到了同樣的問題：

Browse[2]> read.csv(list.files(".", "XCMS-annotated-diffreport--.*csv$"), row.names = 1) 
Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument

然後，我發現有在同一路徑下的兩個不同的CSV文件，像這樣：

Browse[2]> list.files(".", "XCMS-annotated-diffreport--.*csv$") 
[1] "XCMS-annotated-diffreport--1-vs-2-Y.csv" "XCMS-annotated-diffreport--1-vs-2.csv"

當我刪除了一個文件，它再次工作。

來源

2016-08-22 07:44:18 Belter

文件（文件，「rt」）中的錯誤：complete.cases程序中的無效'description'參數

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