文件（文件，「rt」）R參數錯誤

我正在使用下面的RScript。文件（文件，「rt」）R參數錯誤

/usr/local/bin/R CMD BATCH --slave '--args 51102' coverage_db/src/main/scripts/R_ExonsPlots.R

[R腳本如下

args<-commandArgs(TRUE) 
gname = as.numeric(args[1]) 
sample_data = read.table(Sys.glob("/NGS_STORE/ARCHIVE2/Cov_InputBed_Repository/*gname*"),sep="\t",header=FALSE,stringsAsFactors=FALSE) 
colnames(sample_data)=c("chr","start","end","gene","avg_depth")

錯誤

Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument

它好工作沒有「論據」但不能得到什麼錯誤是

來源

2016-08-11 Kiran

你只是想了解'粘貼' – Dason

我不確定粘貼是什麼。我是R編程新手。想要根據「args」Glob文件讀取表格。 – Kiran

嘗試打印'gname'的值。我認爲你必須在調用這個錯誤的'gname'中獲得多個值。還有一個問題，爲什麼你需要通過'--args 51102'只是51102不行。無論如何你在下面做'as.numeric'。 – abhiieor

從錯誤結果read.table，因爲返回多個文件名。在這種情況下，Sys.glob將返回一個字符向量，每個文件名與通配符匹配。最有可能的是，這個問題是由其他問題觸發的，其中gname的值實際上未被使用，因爲"/NGS_STORE/ARCHIVE2/Cov_InputBed_Repository/*gname*"只是一個字符串（字符）。要解決這兩個：

args<-commandArgs(TRUE) 
gname = as.numeric(args[1]) 
files = Sys.glob(paste0("/NGS_STORE/ARCHIVE2/Cov_InputBed_Repository/*",gname,"*")) 
if (!is.na(files[1])) { 
    sample_data = data.frame() 
    for (afile in files) { 
     sample_data = rbind(sample_data, read.table(afile, sep="\t", header=FALSE, 
                stringsAsFactors=FALSE)) 
    } 
    colnames(sample_data)=c("chr","start","end","gene","avg_depth") 
}

在這裏，我假設，如果有滿足水珠多個文件，要通過行（即，它們具有相同的列數），把它們結合起來。顯然，您可以按列組合它們，忽略除第一個以外的所有內容等。

請注意，如果glob沒有匹配項，則將返回NA。這就是爲什麼我們在致電read.table之前需要檢查NA。否則，您將收到read.table錯誤Error in file(file, "rt") : cannot open the connection。

來源

2016-08-12 00:57:56 aichao

文件（文件，「rt」）R參數錯誤

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