調用輸入文件不起作用

Question

我正在使用Bioconductor的Gviz庫。我輸入一個包含CNV位置的製表符分隔文件，我需要在我的染色體文字上繪製。

我的輸入文件由DAT定義，並且具有4列

• [1]染色體
• [2]開始
• [3]結束
• [4]的寬度（可能「+ '或‘ - ’取決於拷貝數的方向）

所以我這樣做：

library(IRanges) 
libraray(Gviz) 
gen <- "mm9" 
chr <- "chr1" 

itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr) 
gtrack <- GenomeAxisTrack() 

dat <- read.delim("C:/R/1ips_chr1.txt", header = FALSE, sep ="\t") 
s <- dat[2] 
e <- dat[3] 
l <- dat[4] 

這說明，當我調用該文件DAT的錯誤消息：

atrack1 <- AnnotationTrack(start = s, width = l , chromosome = chr, genome = gen, name = "Sample1") 
Error : function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ".buildRange", for signature "NULL", "data.frame", "NULL", "data.frame" 

很顯然，我所說的在輸入的文件（DAT）不滿足R上的方式..有人幫我請:)

Answer 1

從AnnotationTrack功能reference manual爲Gviz包（與我不熟悉），參數start和width需要是整數向量。當使用單個方括號[子集dat時，生成的對象是data.frame（有關詳細信息，請參閱?`[.data.frame`）。嘗試改爲

s <- dat[[2]] 
e <- dat[[3]] 
l <- dat[[4]] 

以獲得整數向量。