使用Rcpp時的數據類型轉換錯誤

Question

我正在學習Rcpp並編寫以下兩個函數。第二個函數簡單計算sum（log_gamma（x）） - log_gamma（sum（x）），其中x是一個向量。

返回三個數據類型轉換錯誤，我無法解決所有這些錯誤。有人可以幫我糾正這些代碼嗎？謝謝。

file330c72cf6532.cpp:8:37: error: cannot convert 'Rcpp::sugar::Vectorized<Rf_lgammafn, true, Rcpp::Vector<14, Rcpp::PreserveStorage> >' to 'SEXP' in initialization 
      SEXP lgamma_x = lgamma(x); 
            ^
file330c72cf6532.cpp:10:45: error: cannot convert 'SEXP' to 'double' in initialization 
      double up = sum_cpp(lgamma_x_vec); 
              ^
file330c72cf6532.cpp:11:44: error: cannot convert 'Rcpp::sugar::Vectorized<Rf_lgammafn, true, Rcpp::Vector<14, Rcpp::PreserveStorage> >' to 'double' in initialization 
      double down = lgamma(sum_cpp(x)); 
              ^

cppFunction(
    'double sum_cpp(NumericVector x){ 
    double tmp = 0; 
    int n = x.size(); 
    for(int j = 0; j<n; j++){ 
     tmp = tmp + x[j]; 
    } 
    return tmp; 
    }') 

cppFunction('double LogB_cpp(NumericVector x){ 
      Function sum_cpp("sum_cpp") ; 
      SEXP lgamma_x = lgamma(x); 
      NumericVector lgamma_x_vec(lgamma_x); 
      double up = sum_cpp(lgamma_x_vec); 
      double down = lgamma(sum_cpp(x)); 
      return up - down;}') 

Answer 1

這裏有兩個明顯的錯誤。第一個問題是當它不應該是C++作爲常規函數（例如sum_cpp）時使用的函數。第二個問題是lgamma是返回Rcpp::NumericVector而不是標量（例如double）的糖表達式。

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的第一個問題來了，因爲你正在使用cppFunction()，有其爲主要手段的使用原型C++代碼。對於更多擴展C++的用法，最好使用sourceCpp()。 sourceCpp()的使用給Rcpp屬性帶來了光線，這提供了將C++函數表示爲R的手段。具體而言，在腳本中，應該使用高於所需功能的// [[Rcpp::exports]]腳本。另外，如果您需要在另一箇中使用功能，則必須在其使用之前對其進行定義。因此，在C++文件中的LogB_cpp之前定義sum_cpp。有關此示例，請參閱Rcpp Quick Reference指南。

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關於第二個問題，這是很容易選擇保存它作爲NumericVector或使用[0]以獲得第一結果作爲雙校正。

此外，由於某種原因，您最初保存爲SEXP，然後轉換爲NumericVector該步驟不需要，並且從下面省略。

例如，將以下成gamma_source.cpp：

#include <Rcpp.h> 

// [[Rcpp::export]] 
double sum_cpp(Rcpp::NumericVector x){ 
    double tmp = 0; 
    int n = x.size(); 
    for(int j = 0; j<n; j++){ 
     tmp = tmp + x[j]; 
    } 
    return tmp; 
} 

// [[Rcpp::export]] 
double LogB_cpp(Rcpp::NumericVector x){ 
    Rcpp::NumericVector calc_lgamma = lgamma(x); 
    double up = sum_cpp(calc_lgamma); 

    Rcpp::NumericVector sum_lgamma = lgamma(sum_cpp(x)); 
    double down = sum_lgamma[0]; 

    // Alternatively, you could do: 
    // double down = lgamma(sum_cpp(x))[0]; 

    return up - down; 
} 

然後鍵入：sourceCpp("gamma_source.cpp")。這假定工作目錄與「gamma_source.cpp」的位置相同。否則，追加路徑）

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例：

library("Rcpp") 
sourceCpp("gamma_source.cpp") 
x = c(1, 1.5, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 4.5, 5) 
LogB_cpp(x) 
## [1] 9.481571