R：將對象序列化爲文本文件並返回

Question

我在R中創建了一個對象序列化並將它們放入純文本文件的過程。這似乎是一種非常好的方式來處理事情，因爲我正在使用Hadoop，所有輸出都需要通過stdin和stdout進行流式處理。

我剩下的問題是如何從文本文件中讀取這些對象，然後將其返回到我的臺式機上的R中。下面是一個工作示例，說明了這個挑戰：

讓我們創建一個tmp文件並將單個對象寫入其中。這個對象只是一個載體：

outCon <- file("c:/tmp", "w") 
mychars <- rawToChar(serialize(1:10, NULL, ascii=T)) 
cat(mychars, file=outCon) 
close(outCon) 

的mychars對象看起來是這樣的：

> mychars 
[1] "A\n2\n133633\n131840\n13\n10\n1\n2\n3\n4\n5\n6\n7\n8\n9\n10\n" 

當寫入文本文件，它看起來像這樣：

A 
2 
133633 
131840 
13 
10 
1 
2 
3 
4 
5 
6 
7 
8 
9 
10 

我可能忽略了非常明顯的東西，但是如何將該文件讀回R並反序列化該對象？當我嘗試scan（）或readLines（）時，都希望將新行字符當作記錄分隔符，並且最終得到一個向量，其中每個元素都是文本文件中的一行。我真正想要的是一個包含文件全部內容的文本字符串。然後我可以反序列化字符串。

Perl會將換行符讀回字符串，但我無法弄清楚如何重寫R處理換行符的方式。

Answer 1

法學博士，我們在digest包通過serialize()到/從raw。這很好，因爲你可以在SQL和其他地方存儲序列化的對象。我實際上將它存儲爲RData，這對於load()（不解析！）和save()來說更快。

或者，如果它是RawToChar()和ASCII然後使用這樣的事情（從help(digest)直取其中我們比較文件拷貝序列：

# test 'length' parameter and file input 
fname <- file.path(R.home(),"COPYING") 
x <- readChar(fname, file.info(fname)$size) # read file 
for (alg in c("sha1", "md5", "crc32")) { 
    # partial file 
    h1 <- digest(x , length=18000, algo=alg, serialize=FALSE) 
    h2 <- digest(fname, length=18000, algo=alg, serialize=FALSE, file=TRUE) 
    h3 <- digest(substr(x,1,18000) , algo=alg, serialize=FALSE) 
    stopifnot(identical(h1,h2), identical(h1,h3)) 
    # whole file 
    h1 <- digest(x , algo=alg, serialize=FALSE) 
    h2 <- digest(fname, algo=alg, serialize=FALSE, file=TRUE) 
    stopifnot(identical(h1,h2)) 
} 

與你的榜樣成爲該

這樣：

R> outCon <- file("/tmp/jd.txt", "w") 
R> mychars <- rawToChar(serialize(1:10, NULL, ascii=T)) 
R> cat(mychars, file=outCon); close(outCon) 
R> fname <- "/tmp/jd.txt" 
R> readChar(fname, file.info(fname)$size) 
[1] "A\n2\n133633\n131840\n13\n10\n1\n2\n3\n4\n5\n6\n7\n8\n9\n10\n" 
R> unserialize(charToRaw(readChar(fname, file.info(fname)$size))) 
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 
R>