Knitr：不要金銀絲一大塊

Question

考慮以下test.Rmd：

```{r setup, purl=FALSE} 
opts_chunk$set(purl=FALSE) 
opts_template$set(nopurl = list(purl=FALSE)) 
```  

```{r test1} 
print(1) 
``` 

```{r test2, opts.label='nopurl'} 
print(2) 
``` 

```{r test3, purl=FALSE} 
print(3) 
``` 

purl('test.Rmd')給test.R，其中沒有測試*塊是應該purled，但是：

## ----test1--------------------------------------------------------------- 
print(1) 


## ----test2, opts.label='nopurl'------------------------------------------ 
print(2) 

只有test3不是祕密，其餘的都是祕密，儘管全球選項opts_chunk$set(purl=FALSE)和標籤nopurl。
爲什麼？

Answer 1

基於一匯反饋，要走的路就像如下：

```{r setup, purl=FALSE} 
knit_hooks$set(purl = hook_purl) 
opts_template$set(nopurl = list(purl=FALSE)) 
opts_template$set(dopurl = list(purl=TRUE)) 
``` 

```{r test} 
print(1) 
``` 

```{r test2, opts.label='nopurl'} 
print(2) 
``` 

```{r test3, opts.label='dopurl'} 
print(3) 
``` 

通過這種方法，你並不需要：

purl('test.Rmd') 

您只需：

knit('test.Rmd') 

並獲得通常的test.md和test.R文件。後者是如下：

## ----test---------------------------------------------------------------- 
print(1) 

## ----test3, opts.label='dopurl'------------------------------------------ 
print(3) 

正如你看到的，給予knit_hooks$set(purl = hook_purl)，爲塊的默認行爲是潺潺。

在實際使用中nopurl和dopurl將收集更多的選項與（無）purling一起設置。
無論如何，當考慮以下注意事項：

N.B.不能保證由'purl（）' 生成的R腳本可以重現在'knit（）'中完成的計算。 'knit（）' 進程可能相當複雜（特殊值爲塊 選項，自定義塊鉤子，除R以外的計算引擎，以及參數'envir'等）。如果您想在由'knit（）'生成的報告中重現計算 ，請務必使用'knit（）'， 而不是僅執行由'purl（）'生成的R腳本。 這似乎很明顯，但有些人卻不明白。

當purl不需要時總是使用knit_hooks$set(purl = hook_purl)並設置purl=FALSE似乎是明智的。

Answer 2

這不是一個bug，但只是purl()沒有執行任何代碼塊，所以第一個代碼塊沒有真正執行。 purl()功能在很多方面都不可靠，請參閱?knitr::hook_purl。也就是說，我不建議完全清理文檔;編織更可靠（請參閱?knitr::purl中的註釋部分）。