knitr - 從`purl（...）`排除塊？

Question

當我金銀絲/糾結的文件提取將R塊到一個腳本，有沒有什麼辦法：

• 排除任意塊（由名字說）？
• 如果不是，排除一個塊如果eval=F（或者我可以定義一個塊鉤子/選項include=F）？

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例如，假設我有以下RMD：

```{r setup, echo=F} 
library(MASS) 
``` 
First, we perform the setup (assume for some reason I need to evaluate `setup` 
silently before I wish to display the chunk to the user, hence the repetition) 
```{r setup, eval=F} 
``` 

Here's the function I've been explaining: 
```{r function} 
plus <- function (a, b) a + b 
``` 

And here's an example of its use: 
```{r example} 
plus(1, 2) 
``` 

糾結的腳本是這樣的：

## @knitr setup, echo=F 
library(MASS) 

## @knitr setup, eval=F 
library(MASS) 

## @knitr function 
plus <- function (a, b) a + b 

## @knitr example 
plus(1, 2) 

我有這個想法，因爲我沒」 t想要評估特定的塊，它們至少不應該出現在輸出中（在上面的例子中，th e second setup chunk）。

此外，對於我來說，將某些塊標記爲「不可見」就糾結輸出而言是不錯的選擇。我不希望在我的輸出腳本中使用example塊（爲了文檔的目的，它在Rmd中很不錯，但是我希望能夠糾結Rmd，如果我想使用plus函數，則只需source('myfile.r')，而不必擔心這些額外的例子執行目前我糾結Rmd然後手動編輯出我不想出來的腳本塊，這似乎違反了只編寫一個Rmd將提供文檔和腳本的原則沒有額外的努力。）

Answer 1

由於knitr 1.3，有一個新的塊選項purl = TRUE/FALSE允許包含/排除purl()的某些代碼塊。

```{r test, purl=FALSE} 
library(MASS) 
``` 

Answer 2

糾結處理模塊目前不擴大PARAMS，但我們可以把它這樣做...

# See `?trace` documentation for details. 
bdy <- as.list(body(knitr:::process_tangle.block)) 
trace.at <- which(grepl(".*opts_chunk\\$merge.*", 
         as.list(body(knitr:::process_tangle.block)))) 
tracer <- quote({ 
    # Code borrowed from normal chunk procesing. 
    af = opts_knit$get('eval.after'); al = opts_knit$get('aliases') 
    if (!is.null(al) && !is.null(af)) af = c(af, names(al[af %in% al])) 
    for (o in setdiff(names(params), af)) params[o] = list(eval_lang(params[[o]])) 
    # Omit this if using lastest knitr source from github. 
    if(isFALSE(params$include)) { 
    tmp <- knit_code$get(); 
    tmp[[params$label]] <- ""; 
    knit_code$restore(tmp) 
    } 
}) 

trace(knitr:::process_tangle.block, tracer=tracer, at=trace.at, print=FALSE) 

然後金銀絲（）排除可以通過選項參數來控制......

```{r setup, echo=TRUE, results='hide'} 
library(MASS) 
```` 

First, we perform the setup (assume for some reason I need to evaluate `setup` 
silently before I wish to display the chunk to the user, hence the repetition) 
```{r setup2, ref.label="setup", echo=FALSE, results='markup'} 
``` 

Here's the function I've been explaining: 
```{r function} 
plus <- function (a, b) a + b 
``` 

And here's an example of its use: 
```{r example, eval=!opts_knit$get("tangle") } 
plus(1, 2) 
``` 

And here's another example of its use: 
```{r example2, include=!opts_knit$get("tangle") } 
plus(3, 3) 
``` 

Answer 3

雖然這更多的是一種技巧比的解決方案，你仍然可以修改從一些正則表達式金銀絲產生的腳本。

例如用下面的函數（可能存在用於正則表達式的更簡單的解決方案）：

dropchunks <- function(scriptname, what.to.drop){ 
    script <- readLines(scriptname) 
    script <- do.call(paste, list(script, collapse = "\n")) 
    subpattern = paste0("(", do.call(paste, list(what.to.drop, collapse="|")), ")") 
    mainpattern <- paste('(?s)## @knitr ((?!## @knitr).)*?', subpattern, '.*?((?=## @knitr)|$)', sep="") 
    script <- gsub(pattern = mainpattern, replacement = "", x = script, perl=TRUE) 
    writeLines(text = script, con= scriptname) 
} 

然後可以做到這一點，以除去含有的eval = F所有代碼塊：

library(knitr) 
purl("test.Rmd") 
dropchunks("test.R", "eval=F") 

您可以這樣做，以刪除名爲「函數」或「示例」的塊（實際上，它將刪除任何包含這些單詞的塊，但可以通過更改正則表達式來更改）：

purl("test.Rmd") 
dropchunks("test.R", c("function", "example"))