我該如何製作我的R課程香草？

這是後續澄清前一個問題，How can I ensure a consistent R environment among different users on the same server?我該如何製作我的R課程香草？

我想從R內輸入「vanilla」R會話。類似於我使用命令R --vanilla啓動R時所獲得的結果。例如，我想編寫一個不被特定用戶的自定義設置所迷惑的腳本。

特別，我想下面的

沒有讀取R的歷史，概況，或環境文件
沒有從以前的會話重新加載數據或對象

help("vanilla")不會返回任何內容，並且我不熟悉自定義設置的範圍以瞭解如何擺脫所有這些設置。

有沒有辦法進入新的香草環境？（?new.env似乎並沒有幫助）

來源

2012-09-22 David LeBauer

您能澄清您的預期用例嗎？我無法從你的問題中得知，所討論的腳本是從現有R會話還是直接從命令行運行。 – joran

[This link]（http://stackoverflow.com/a/12323852/967840）可能是相關 – GSee

@joran我希望爲有問題的腳本確保我可以在腳本中控制的標準環境，與if該腳本從命令行運行或在現有R會話中使用'source'調用;無論如何，我無法確保它將在香草環境中運行。 –

你不能只讓你的當前會話香草，但你可以從R內開始新的香草R對話這樣

> .Last <- function() system("R --vanilla") 
> q("no")

我想你使用上面的代碼可能會遇到問題，因爲在R重新啓動後，腳本的其餘部分將不會執行。使用以下代碼，R在退出之前將運行.Last。 .Last會告訴它在不讀取站點文件或環境文件的情況下重啓，也不會打印啓動消息。重新啓動後，它將運行你的代碼（以及做一些其他的清理）。

wd <- getwd() 
setwd(tempdir()) 
assign(".First", function() { 
    #require("yourPackage") 
    file.remove(".RData") # already been loaded 
    rm(".Last", pos=.GlobalEnv) #otherwise, won't be able to quit R without it restarting 
    setwd(wd) 
    ## Add your code here 
    message("my code is running.\n") 
}, pos=.GlobalEnv) 

assign(".Last", function() { 
    system("R --no-site-file --no-environ --quiet") 
}, pos=.GlobalEnv) 
save.image() # so we can load it back when R restarts 
q("no")

來源

2012-09-22 02:19:12 GSee

您可能需要將代碼放在名爲'.First'的函數中，並將'.First'保存到工作目錄中的'.RData'文件中。否則，它可能不會運行重新啓動後的代碼。（您還需要刪除'.First'函數中的'.Last'，以便稍後可以退出R，而無需重新啓動。）請參閱[鏈接]（http://stackoverflow.com/a/ 12323852/967840）我對你的Q – GSee

恕我直言，重複性研究和互動環節不順利起來。您應該考慮編寫從命令行調用的可執行腳本，而不是從打開的交互式會話中調用。在腳本的頂部添加--vanilla的家當：

#!/path/to/Rscript --vanilla

如果你的腳本需要讀取輸入（參數或選項），你可以使用?commandArgs或兩個包getopt的一個或optparse從它們解析命令行。

如果用戶確實需要在交互式會話中完成自己的工作，那麼他仍然可以通過system()來調用腳本：腳本仍然會使用自己的香草會話。傳遞輸入和輸出只需要一些額外的工作。

來源

2012-09-22 12:46:21 flodel

發表了評論+1 - 我喜歡這種方式比David在這裏嘗試做的要好得多。 –

我同意OP在評論中給出的要求，即無論腳本是使用'Rscript'還是''source'運行都不要緊。如果您需要確保R啓動時設置了環境變量，該怎麼辦？例如如果你需要確保設置了'TMPDIR'，並且你不能控制用戶的'.Renviron'？這可以在shebang中完成，還是必須在命令行中設置，如「TMPDIR =」〜/ tmp「Rscipt --vanilla」？ – GSee

無法對Rscript說話，但可以告訴小動作複製R的行爲，但是在非交互模式下執行。 –

我該如何製作我的R課程香草？

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