轉換GENCODE ID來ENSEMBL - 遠程SummarizedExperiment

我與rownames是什麼，我認爲一個表達式設置的矩陣是在例如「ENSG00000000003.14」「ENSG00000000457.13」「ENSG00000000005.5的格式的GENCODE ID 「等等。我想將它們轉換爲gene_symbol，但我不確定這樣做的最佳方式，特別是因爲我認爲是該版本的「.14」或「.13」。我應該先修剪所有ID，然後使用biomaRt進行轉換嗎？如果是這樣，那麼最有效的方法是什麼？有沒有更好的方法到達gene_symbol？轉換GENCODE ID來ENSEMBL - 遠程SummarizedExperiment

非常感謝您的幫助

來源

2017-07-03 r_mvl

也許，這就是你正在尋找：https://stackoverflow.com/questions/28543517/how-can-i-convert-ensembl -id到基因符號在-R。也許，如果你在這裏發佈它，你會得到更多的幫助：https://www.biostars.org/ –

這些是ensembl id和biomart可能是你最好的選擇。這是前一個問題，你只需要相應地改變'attributes'。生物智能教程非常有用\ – emilliman5

感謝您的回覆。我嘗試過biomaRt，但由於ensembl基因ID末尾的「點號」（例如「ENSG00000000003 **。14 **」），它不會將其識別爲Ensembl基因ID –

如前所述，這些是ENSEMBL ID。首先，您需要做的是檢查您的表達式集對象並確定它用於註釋的數據庫。有時候，ID可能會映射到更新（更新）的註釋數據庫中的不同基因符號。

無論如何，期待身份證屬於人類，您可以使用此代碼非常容易地獲得基因符號。

library(org.Hs.eg.db)  ## Annotation DB 
library(AnnotationDbi) 

ids <- c("ENSG00000000003", "ENSG00000000457","ENSG00000000005") 
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db,keys = ids,columns = "SYMBOL",keytype = "ENSEMBL")

您可以org.Hs.eg.db嘗試或確切的DB你的表情設定用途（如果該信息可用）。

來源

2017-07-03 21:29:40

感謝您的幫助。我的問題是在每個ensembl基因ID末尾擺脫版本.XX。我認爲從具有版本號（gencode basic annotation）的ensembl基因id到基因符號會有更直接的方式。最後我做了以下和似乎工作：

df$ensembl_gene_id <- gsub('\\..+$', '', df$ensembl_gene_id) 

library(biomaRt) 
mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl")) 
genes <- df$ensembl_gene_id 
symbol <- getBM(filters = "ensembl_gene_id", 
       attributes = c("ensembl_gene_id","hgnc_symbol"), 
       values = genes, 
       mart = mart) 
df <- merge(x = symbol, 
       y = df, 
       by.x="ensembl_gene_id", 
       by.y="ensembl_gene_id")

來源

2017-07-04 09:07:57

轉換GENCODE ID來ENSEMBL - 遠程SummarizedExperiment

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