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    轉換GENCODE ID來ENSEMBL - 遠程SummarizedExperiment

    我與rownames是什麼，我認爲一個表達式設置的矩陣是在例如 「ENSG00000000003.14」 「ENSG00000000457.13」 「ENSG00000000005.5的格式的GENCODE ID 「 等等。 我想將它們轉換爲gene_symbol，但我不確定這樣做的最佳方式，特別是因爲我認爲是該版本的「.14」或「.13」。我應該先修剪所有ID，然後使用biomaRt進行轉換嗎？
    r annotations biomart 2017-07-03

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    使用biomaRt註釋位置

    我有一些基因組位置，我想用biomaRt R軟件包根據Ensembl註釋這些位置（找到Ensembl基因ID，外顯子，內含子等特徵）。我的數據 chr start stop strand chr10 100572320 100572373 - chr10 100572649 100572658 +
    r bioinformatics bioconductor biomart 2016-02-23

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    在biomaRt中檢索SNP位置，命令掛起

    我試圖檢索SNP位置的信息。我試圖按照本網站的答案的指示，但該命令不工作了： library(biomaRt) # biomaRt_2.30.0 snp_mart = useMart("ENSEMBL_MART_SNP", dataset="hsapiens_snp") snp_ids = c("rs16828074", "rs17232800") snp_attributes = c(
    r biomart 2017-10-12

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    從基因符號和ID獲取基因位置

    我想從基因符號（例如：TTN）和基因ID（例如：ENSG00000155657）中獲取人類基因組的基因位置。我想用biomaRt的R包來做。我該怎麼做？
    r biomart 2017-08-28

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    如何在biomaRt R軟件包中使用NCBI基因數據庫

    我並不是很熟悉R，但我試圖學習如何使用biomaRt軟件包來查找位於我感興趣的區域的基因。 我已經成功使用ENSEMBL數據集用下面的代碼產生一個有效的輸出： > mart= useMart(biomart="ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl") > results <- getBM(attributes =c("chromosome_name","
    r ncbi biomart 2017-07-18

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    刪除「。」後的部分字符串。

    我與NCBI參考序列登錄號工作就像變a： a <- c("NM_020506.1","NM_020519.1","NM_001030297.2","NM_010281.2","NM_011419.3", "NM_053155.2") 要從biomart包我需要的登錄號後刪除.1，.2等獲取信息。我通常這樣做這個代碼： b <- sub("..*", "", a) # [1] "" "" "
    r regex string bioinformatics biomart 2012-05-16
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