讀取SD文件並提取有關每個片段的信息

Question

我有一個要讀取的SD文件。我無法上傳整個文件。所以我在下面的圖片中給出了一個快照。

這是解釋分子結構的SD文件（結構數據文件）。 803和AMH是兩個分子。而且，在同一分子內有幾個片段。每個片段由四個美元符號（$$$$）分隔。我是一名新生兒，因爲我是一名生物醫學研究生。然而，我寫了一個腳本，它查找了$$$$的出現，然後發現了它旁邊的分子代碼（這裏是803）。

{ 
    open (FILE, '<', "try_803.txt");  
    my $ligandcode="803";  
    while (<FILE>) { 
     my $nextline = <FILE>;  
     if ($_=~/\x24\x24\x24\x24/ && $nextline=~/$ligandcode/){  
      # do something 
     }  
    }  
} 

此代碼檢查的$$$$非常首次出現，隨後803不過，我希望它去進一步的$$$$下一次出現，隨後803，我不知道有多少次數會發生這種模式。從技術上講，我無法在手前指定片段號。你能幫我改進這個代碼並找到問題的解決方案嗎？我會很感激。

Answer 1

您可以輸入記錄分隔符設置爲四個DOLAR跡象，換行和803

local $/ = '$$$$' . "\n803"; 

然後，你可以在一個循環中讀取整個分子：

while (<FILE>) { 
    my $molecule = $_; 
}