從Popen捕獲輸出

Question

也許我需要的是對STDOUT是什麼的一般解釋，但這是我的問題。我需要在python中的一堆文件對中運行shell腳本，並解析輸出。如果我運行：

from itertools import combinations 
from subprocess import Popen 

for pair in combinations(all_ssu, 2): 
    Popen(
     ['blastn', 
     '-query', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[0]), 
     '-subject', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[1]), 
     '-outfmt', '6 qseqid sseqid pident' 
     ], 
    ) 

...這似乎工作大（注：all_ssu是文件名實質上的列表）。 shell打印出一串我想要比較的數據。那麼，如何將打印的數據打印到列表或數據框中，以便我可以使用它？

環視文檔和這裏其他一些問題之後，它看起來像stdout標誌是尋找一個文件對象，所以我嘗試：

from itertools import combinations 
from subprocess import Popen 
for pair in combinations(all_ssu, 2): 
    out_file = open('tmp.txt', 'rw') 
    Popen(
     ['blastn', 
     '-query', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[0]), 
     '-subject', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[1]), 
     '-outfmt', '6 qseqid sseqid pident' 
     ], 
     stdout=out_file 
    ) 
    for line in out_file.readlines(): 
     print line 
    out_file.close() 

，這也似乎工作，但我創建那個我不需要的臨時文件。我試圖設置一個變量captured到None，然後把stdout=captured，但在這種情況下，它只是將captured設置爲0.我也試過out = Popen(...)沒有stdout標誌，但再次，out只是int(0)。我也嘗試玩PIPE，但無法做到正面或反面。

所以問題是：我如何直接從Popen捕獲輸出？

Answer 1

試試這個：

from itertools import combinations 
from subprocess import Popen, PIPE 
for pair in combinations(all_ssu, 2): 
    out = Popen(
     ['blastn', 
     '-query', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[0]), 
     '-subject', 'tmp/{0}.fna'.format(pair[1]), 
     '-outfmt', '6 qseqid sseqid pident' 
     ], 
     stdout=PIPE 
    ).communicate[0] 
    print(out) 

從How can I get terminal output in python?

stdout是公正的程序，這是該文件的標準輸出，其中，該程序將打印將被寫入任何東西。

如果你想在輸出作爲一個列表，那麼你可以在循環之前只是創建一個空的列表（l = []或東西），並在每次循環

Answer 2

從Python 2.7版的結尾做l.append(out)起，你可以使用 - subprocess.check_output

它將執行的命令的輸出返回爲字節字符串。

示例 -

>>> import subprocess 
>>> s = subprocess.check_output(["echo","Hello World!"], shell=True) 
>>> s 
b'"Hello World!"\r\n' 

我不得不用我的窗戶shell=True這個工作，但在Linux上，這可能是不需要的。