cca每組和row.names

我對R有點新，所以原諒我的基本問題。我在一個完整的數據集上（358個位點，40個非生物參數，100個觀察物種）進行了一個CCA。cca每組和row.names

library(vegan) 
env <- read.table("env.txt", header = TRUE, sep = "\t", dec = ",") 
otu <- read.table(otu.txt", header = TRUE, sep = "\t", dec = ",") 
cca <- cca(otu~., data=env) 
cca.plot <- plot(cca, choices=c(1,2)) 
vif.cca(cca) 
ccared <- cca(formula = otu ~EnvPar1,2,n, data = env) 
ccared.plot <- plot(ccared, choices=c(1,2)) 
orditorp(ccared.plot, display="sites")

這工作，而不在所述第一列（最初，包含數字樣本的名字的第一列得到解釋爲一個可變使用樣品名稱，所以我使用的表沒有這種信息，當我經由網站名稱添加到情節orditorp，它會在圖中給出「row.name = n」。）但是，我想使用我的示例名稱。我試圖row.names = 1與樣品名稱信息兩個表：

envnames <- read.table("envwithnames.txt", header = TRUE, row.names=1, sep = "\t", dec = ",") 
otunames <- read.table("otuwithnames.txt", header = TRUE, row.names=1, sep = "\t", dec = ",")

，和ENV/OTU/envnames/otunames的任何組合。 CCA制定以及在任何情況下，但任何繪圖命令產生

plot.ccarownames <- plot(cca(ccarownames, choices=c(1,2))) 
Error in rowSums(X) : 'x' must be numeric

我的第二個問題是連接到的是：358點分爲6組（4x60,2x59）。完整的矩陣將此信息推斷爲額外的列。因爲我無法解決行名問題，所以無論如何，我更加困於名義數據。原始矩陣包含第一列（樣本名稱，數字，但可以很容易地轉換爲標稱值）和第二列（組標識，名義值），然後是生物學觀察。

我想什麼有：

包含所有六組被着色每組的網站CCA。
一個只包含一組數據的CCA（沒有手冊構建單個輸入表）
使用我的原始樣本名稱的CCA圖。

任何幫助表示讚賞！真的，我從昨天早上就卡住了：/

來源

2014-06-16 nouse

你是什麼意思「如果我使用行名」？如果你把它們讀入你的桌子？或者如果你在你的模型中使用它們？這不清楚。我也不確定你在討論什麼額外的專欄，或者CCA在這種情況下「失敗」。請花時間創建一個[可重現的示例]（http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example）。在使用默認軟件包之外的功能時，請清楚您正在加載哪些庫。如果我們能像你一樣獲得同樣的錯誤，我們更有可能提供幫助。 – MrFlick

作爲**素食**開發者之一，我可以非常自信地說這是用戶錯誤，可能在某個地方，或許反覆，一路上。如果您在數據框中正確設置這些行，素食主義者將使用行名稱。如果將這些數據保留在數據對象中，我懷疑即使'cca（）'也會工作，因爲我們所做的第一件事之一是通過'as.matrix（）'將數據轉換爲矩陣，因此您會得到一個字符矩陣如果在你的數據框*中有任何非數字信息*。正如弗裏克先生所說，需要一個可重複的例子來進一步研究這一點。 –

您好，感謝您的快速回答。我應該使用elobarate：首先我使用read.table（x，header = 1，sep/dec），其中x包含一個帶數字樣本名稱的列。這一列被解釋爲一個變量，並且cca變得混亂了。我嘗試read.table（x，header = 1，row.names = 1，sep/dec），並且我在'rowSums（X）中得到錯誤：'x'必須是數字'消息。虐待更新我最初的問題。 – nouse

我使用cca（）從純素我自己和我有一些自己的問題，但我至少能夠解決您的原始「行名稱「問題。我正在對來自41個土壤的數據進行CCA分析，共有334個物種和39個環境因素。在我來說，我使用

rownames(MyDataSet) <- MyDataSet$ObservationNamesColumn

（我用的默認名稱，如MyDataSet例如這裏的緣故）但是我仍然有哪些不是數字環境因素（如土壤質地）。您可以嘗試檢查非數值因素，以防您原始數據集中存在錯誤，或者因爲任何其他原因而將非生物因素解釋爲數字。要做到這一點，你可以使用命令str(MyDataSet)，它告訴你每個變量的性質，或者lapply(MyDataSet, class)，它也告訴你相同但是在不同的輸出中。

如果您的非生物因素不是數值（又如紋理），並且您想要刪除它們，您可以通過僅使用數值變量創建一個全新的數據集來實現這一點（您仍然可以保持觀察名字，因爲他們被定義爲列名），這是相當容易的事情，並且可以使用類似於這樣做：

MyDataSet.num <- MyDataSet[,sapply(MyDataSet, is.numeric)]

這將創建具有相同的行作爲原始，但只列一個新的數據集（變量）與數值。您應該可以繼續使用這個新數據集繼續工作。

我對R編程和統計都很新（我是一名微生物學家），但我希望這有助於！

來源

2014-07-01 15:21:14

cca每組和row.names

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