如何讓PyMOL在控制檯/腳本中的原子之間繪製鍵？

Question

我想要一個PyMOL腳本來自動繪製給定結構的鍵，例如所有鈀原子之間或所有鈀原子和硫原子之間。

我可以通過bond命令手動做到這一點，但需要知道原子的標識符：

bond id 3, id 4 
bond id 2, id 6 
... 

• 我怎樣才能一次創建了所有需要的債券呢？
• 如果只創建一個鍵，如果原子之間的距離在特定的截止半徑範圍內，這也會有幫助。

Answer 1

抓取PyMol mailinglist後，我設法連接所有的原子。例如

bond (elem pd), (elem pd) 

在所有Pd原子之間繪製bonds。

---

現在到cuttoff半徑：

bond (elem pd), (elem s) within 2.5 of (elem pd) 

繪製所有的Pd原子和所有S的任何鈀原子的2.5的範圍內的原子之間的鍵。這導致了一個非常長的債券結構weired。

我認爲有必要通過 iterate這兩種選擇中的一種來產生僅在期望的截止半徑內的鍵。

取而代之，我利用pymol的find_pairs函數（這是僅API，因此必須在python script中使用）。

from pymol import cmd, stored 

pd_s_bonds = cmd.find_pairs('n. pd', 'n. s', cutoff=2.5) 
for pair in pd_s_bonds: 
    cmd.bond('index %s' % pair[0][6], 'index %s' % pair[1][7])